柔海胆目（Echinothurioida）隶属于棘皮动物门（Echinodermata）海胆纲（Echinoidea）,现有3科11属60种。棘皮动物为无脊椎动物中唯一的后口动物,在无脊椎动物中进化地位很高。柔海胆为其中较为特殊的一类物种,营底栖生活,化石种类记录非常贫乏。壳板柔软,还可以通过蹄形的大棘在柔软的深海沉积物上运动;分布在全球海域,浅海深海均有分布。由于其具有柔软的皮质壳体与薄的重叠骨板,因此很容易与其他海胆区分开。Anderson在2013年与2016年对新西兰和澳大利亚东南部的柔海胆的研究中发现了大量的新物种,表明全球柔海胆的多样性尚未完全了解。且因为深海具备的黑暗、高压、缺氧和寡营养的特征,为天然的极端环境。海山为大洋中独特的生境,目前受采样方式的影响,导致对西太平洋海山区柔海胆的认知不足。本文研究了中国科学院海洋研究所自2014年来,在麦哲伦海山区、南海蛟龙海山区、雅浦海山区、马里亚纳海山区、卡罗琳海山区采集到的柔海胆科和袋海胆科标本。并通过传统形态学,结合扫描电子显微镜等手段,对分布于西太平洋海山区的柔海胆科和袋海胆科海胆种类进行了鉴定。通过分子生物技术对柔海胆目进行了系统发育研究。并对柔海胆科和袋海胆科内物种的地理分布进行了研究。1)共计描述了4属9种,其中包括5个新种:软海胆Araeosoma sp.1,软海胆Araeosoma sp.2,软海胆Araeosoma sp.3,软海胆Araeosoma sp.4和革海胆Hygrosoma sp.1;和一个新纪录种扁袋海胆Phormosoma placenta Thomson,1872。描述了所有种的形态特征与分布,编制了柔海胆科软海胆属的分类检索表。2)构建了基于COI基因序列的遗传间距,与基于16S基因序列的遗传间距,证明革海胆属反口面管足的排列不能作为种间的一个鉴定特征,脆海胆属与兜海胆属应合并为同一属,兜海胆属。柔海胆目不同属种内的遗传距离差别很大。3)构建了柔海胆目的系统发育树,证明柔海胆目为单系发育,目下的科为非单系发育,科之间的差异是否可以作为科级差异还是属之间的差异有待商榷。袋海胆属与兜海胆属较基础并系发育,形成姐妹支;软海胆属较为进化。4)综述了柔海胆科和袋海胆科的全球分布特征,结合原位摄像数据对西太平洋海山区柔海胆的分布特征进行了讨论。证明太平洋为物种多样性的热点,目前已发表的种中只有囊海胆属与腱海胆属内的所有种完全分布在水深1000m以浅。在西太平洋海山区中软海胆属为优势种。大部分柔海胆物种的底质环境为硬底底质,这可能与采样的局限性有关。本研究有利于了解西太平洋海山区的柔海胆科和袋海胆科海胆的种类组成与分布特点,揭示西太平洋海山区丰富的生物多样性,丰富了海山生物的基因序列库和物种信息,为海山生物多样性分布假说及地理分布提供了参考,同时为深海柔海胆目的系统发育提供基础资料,对我国探索和利用深海生物资源及深海生物多样性保护具有重要意义。