瓜类黑星病、枯萎病、蔓枯病、菌核病、炭疽病是瓜类上的主要病害，一旦病害发生，就会严重影响瓜类品质和产量。几种病害发病的初期症状相似，给病害的早期诊断造成很大困难。 本研究采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物，PCR扩增三个来自不同地方的黄瓜黑星病菌(Cladosporium cucumerinum)核糖体基因的ITS，并对PCR产物进行了克隆和序列分析。用MEGA4软件中的NJ法和ME法对3个样品序列以及GENEBANK中登陆的枝孢霉属其他25各种的ITS聚类分析，建立ITS聚类分析图，结果显示：利用NJ法和ME法构建的枝孢霉属25个种的ITS聚类分析树状图基本相同，Cladosporium属可以分为5个聚类组，所测的三个样品种和C.cucumerinum在一个聚类组中。为黄瓜黑星病菌在枝孢霉属的分类地位和分子检测黄瓜黑星病提供了分子依据。 根据黄瓜黑星病菌C.cucumerinum rDNA的ITS序列，比对近缘种及瓜类几种重要病原菌的ITS序列，设计出特异性引物HX-1/HX-2，经过对引物HX-1/HX-2 PCR条件的优化，可以扩增出一条190bp的黄瓜黑星病菌特异性DNA条带，灵敏度达到1pg/μ1。进一步将引物HX-1/HX-2通过和已报道的瓜枯萎病菌(Fusarium oxysporum)、瓜蔓枯病菌(Didymella bryonia)特异检测引物Fn-1/Fn-2、Mn-1/Mn-2组合，建立三重PCR检测体系。对已报道检测瓜类枯萎病、瓜类蔓枯病、瓜类菌核病(Sclerotiniasclerotiorum)和瓜类炭疽病菌(Colletotrichum orblculare)的引物进行筛选，并从影响多重PCR扩增的主要因素入手，进行多重PCR体系优化，建立了瓜类枯萎病、蔓枯病、菌核病和瓜类枯萎病、蔓枯病、炭疽病菌等2个三重PCR检测体系。这些PCR检测体系，均可以应用于田间的植物病害的诊断和土壤检测，为瓜类植物重要病害的田间早期诊断、监测和防治提供了科学、快捷、准确的技术和方法。