以PIK3CA突变及突变相关的基因构建子宫内膜样腺癌的预后预测模型

来源 :天津医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:netproxy_cisheng
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:统计PIK3CA突变在子宫内膜样腺癌(EEC)中的发生情况,研究PIK3CA突变与预后的关系,探索PIK3CA突变相关的分子机制,尝试以PIK3CA突变及突变相关的基因构建子宫内膜样腺癌的预后预测模型,用生信方法和实验方法验证模型的效能,开发模型应用于临床的工具,并且探索模型的分子机制。内容:从TCGA获取EEC患者相关信息,将患者分为PIK3CA突变组和野生组,比较两组患者的总生存(OS)和无进展生存(PFS)。筛选突变相关的差异表达基因(DEGs),再用卡普兰-迈耶(KM)生存分析和最小绝对值收敛和选择算子(LASSO)回归分析筛出预后相关的DEGs。将患者随机分为训练集和验证集。在训练集中建立COX回归模型,将患者分为高危组和低危组,对其进行生存分析、绘制时间受试者工作特征(ROC)曲线并计算曲线下面积(AUC),再在验证集验证。将风险评分模型与其它分子分型工具进行比较。对模型进行单因素和多因素cox回归分析,开发临床应用工具并验证。通过加权基因共表达网络分析,探索模型相关的分子机制,进行免疫细胞浸润分析,完成模型验证的部分实验。方法:所有的处理均通过R语言实现。数据的下载通过TCGAbiolinks实现;突变数据的分析由maftools实现;预后的比较通过KM生存分析实现;DEGs通过DESeq2获取;患者的随机分组通过Craret实现;连续型变量进行KM生存分析的最佳截断值通过survminer得到;COX分析、LASSO回归由R的基本函数实现;列线图和校准曲线通过rms绘制。加权基因共表达网络分析(WGCNA)由WGCNA包实现,免疫细胞浸润程度由GSVA计算。结果:在EEC患者中,PIK3CA突变的发生频率为50%;PIK3CA突变显著影响了EEC患者的OS和PFS,与预后良好有关;PIK3CA突变影响了EEC患者的基因表达水平,在PIK3CA突变组患者和PIK3CA野生型组患者之间的DEGs共有103个,进一步筛选后得到6个与预后相关的DEGs;在276例患者的训练集中构建了风险评分模型,得到了风险评分的公式。使用survminer得到风险分数的最佳截断值为1.18,根据这个值将分别将两组患者分为高危组和低危组;风险评分模型的预后价值在训练集和验证集中得到了体现,两组患者中高危组患者的OS都更差(P<0.05),训练集患者1年、3年、5年的ROC曲线,其AUC分别为:0.86、0.75、0.76,验证集患者1年、3年、5年的ROC曲线,其AUC分别为:0.69、0.78、0.75;我们证明了模型是独立预后因子;对本研究中涉及的患者来说,风险评分模型的预测价值优于TCGA分子分型,KM生存分析显示风险评分模型能将预后不同的患者区分开(P<0.05),而TCGA分子分型不能(P<0.05);我们构建了可用于临床的列线图,在训练集和验证集中利用此列线图预测患者5年生存率的一致性指数分别为0.83和0.74。发现一个与模型相关的基因模块,此模块与多个细胞信号传导过程相关。发现CD8+T细胞、Th1细胞和NK细胞与模型存在相关性。结论:PIK3CA突变与EEC预后良好有关,能显著影响预后,以PIK3CA突变及相关基因建立的预后预测模型与多个生物学过程和免疫细胞浸润程度相关。它在临床应用上有着潜在价值。
其他文献
住房问题是关系到国家民生问题的重要因素,保障性住房服务更是政府和百姓关注的热点问题之一,因此建设保障性住房对于改善民生是至关重要的。通过发展保障性住房服务实现“住有所居”的目标,不仅是对公民居住权的保障,更是贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想,实现社会公平公正的有力保证。兴隆台区作为盘锦市中心城区,随着几年以来民生工程建设不断完善,保障性住房建设也越来越受到人们的关注。然而由于保障性住房体系发展
对大部分不具备专业知识的人来说,投资是一件复杂且困难的事。他们需要花费大量的时间在股票、债券、基金、P2P、信托之间进行比较、筛选。通过各种渠道获取的信息混杂而不成
随着计算机技术和虚拟试衣技术的发展,用户也越来越关注于虚拟试衣中的服装与用户自身条件合适与否,三维人体建模在虚拟试衣系统中逐渐发展起来。本论文基于统计表征的参数化
层状材料麦羟硅钠石(MAG)因其具备独特的片层结构、自主调控层板结构、良好的离子交换能力和吸附能力等特征而逐渐受到材料研究者的广泛关注。本论文以拓展MAG在多个领域的功
从2012年开始,中国开始实行“营改增”,并于2016年5月全国全行业展开。实行“营改增”的初衷是为减税,然而在实施过程中,部分企业出现了税负增加的情况。本文基于本人岗位所
能源的快速消耗带来的能源危机以及伴随的环境污染引起了人们的广泛关注,清洁、环保的可再生能源存储与转化技术的研发迫在眉睫。在各种能源存储与转化技术中,超级电容器、燃
习近平同志在十九大报告中明确指出,既要创造更多物质和精神财富满足人民对美好生活的需要,也要提供更多生态产品满足人民对优美生活环境的需要。林业承担着多种战略任务,其
自20世纪70年代以来,语言教学的研究已将其重点从探索如何教授一门语言转变为探究学习语言的个体差异。研究者们认为语言学习受多种因素影响。通过探索这些因素如何影响学生的学习过程,学生可以提高他们课堂中的学习效率。在所有这些因素中,语言学习焦虑一直以来受到研究人员的广泛关注。本研究通过调查某一高中学生的英语学习焦虑来为该领域的研究做出贡献。该研究使用定量和定性结合的方法调查学生的学习焦虑。研究数据由调
私放在押人员罪是我国现行刑法第400条规定的一款渎职犯罪。它不仅使犯罪嫌疑人、被告人和罪犯逃避了法律的制裁,而且严重破坏了我国正常的监管和羁押秩序,损害了法律的尊严。但刑法第400条对其规定的比较简略,使得该罪在理论上和实践中争议较多,特别是在刑诉法修改和国家监察委员会成立之后,其又面临一些新的问题。有鉴于此,笔者试图对私放在押人员罪一些争论进行初步探讨,以求抛砖引玉,引起更多学者对此罪的关注,以
访问控制技术是信息安全领域的一个重要的模块,随着5G时代的到来,物联网设备的进一步普及,对网络的安全性和可靠性的需求越来越大,一个好的访问控制系统也显得越来越重要。访问控制技术从传统的访问控制模型向基于角色、基于任务等更复杂和专业的访问控制模型发展。但是这些访问控制模型都存在单点故障的安全隐患,并且不同平台下的设备的访问控制问题因为各个节点之间的信任不足而导致数据不通,不利于多平台大规模物联网设备