肝细胞肝癌（HepatocellularCarcinoma,HCC）是最常见的恶性肿瘤之一，在恶性肿瘤引起的死亡中仅次于胃癌和食道癌,居第三位。肝癌发生的一个最主要的危险因素就是肝炎病毒的感染，在东亚地区，尤其是在中国，乙型肝炎病毒的感染对于肝癌发生至关重要。流行病学调查发现，乙型肝炎病毒感染导致的肝癌具有非常明显的家族聚集性和遗传易感性。说明肝癌发生存在着遗传学的改变，从基因组水平探讨肝癌发生的原因和易感机制，对于肝癌临床的早期诊断和预后的观察都会具有十分重要的意义。基因组拷贝数的变异(CopyNumberVariations,CNVs)是多种肿瘤，包括肝癌，发生的重要事件。之前的研究中，对于拷贝数变异的解析更多的关注于蛋白编码基因，然而蛋白编码基因并不足以充分解释肿瘤发生过程中的拷贝数变异事件。在很多的高频拷贝数变异区段，并不能用已经发现的蛋白编码基因的功能来解释变异区段和肿瘤发生的关系，也有很多变异区段位于编码基因的荒漠地带，这些现象提示我们将拷贝数变异与非编码转录产物联系起来，进行非编码RNA在肝癌中的拷贝数变异研究。其中长链非编码RNA（LongNon-codingRNA,lncRNA）是一类转录本长度大于200nt的非编码RNA产物，虽然不编码表达蛋白，但能够在转录、转录后和染色体修饰等多个层面，调控胚胎发育、细胞增殖、转移和分化等各种生命活动，其异常表达与多种肿瘤的发生发展密切相关，近年来关于lncRNA与肝癌关系的研究已经成为肝癌研究新的热点。因此探讨拷贝数变异是否通过调控lncRNA影响了肝癌的发生发展显得尤为重要。在本研究中，我们通过整合了肝癌临床样本的lncRNA表达谱芯片数据和基因组拷贝数变异数据，筛选验证得到了肝癌中拷贝数变异相关的lncRNA。其中，长链非编码RNAlncRNA-PRAL（P53RegulationAssociatedLncRNA）在肝癌样本中存在着高频的拷贝数缺失，并导致了转录本水平的显著性低表达。lncRNA-PRAL基因组的缺失与肝癌病人的临床预后相关，显示lncRNA-PRAL作为肝癌病人预后观察指标的应用价值。并且进一步研究发现，lncRNA-PRAL的表达水平同时也与HBV感染相关，HBV的感染与拷贝数变异对lncRNA-PRAL的调控存在着协同作用。通过lncRNA-PRAL的干扰和过表达，我们发现lncRNA-PRAL可以在体内体外促进肝癌细胞的凋亡。进行深入研究，发现lncRNA-PRAL可以通过直接结合HSP90的蛋白分子，促进HSP90和p53的结合能力，从而增强了p53的入核过程，提高了p53在胞核中的表达量，引起了肿瘤细胞的凋亡。通过我们的研究，我们确定了lncRNA-PRAL在肝癌中的高频缺失是肝癌发生发展中的一个重要事件，可以作为肝癌临床预后的诊断标记物和治疗的潜在靶点。通过探讨拷贝数相关lncRNA在肝癌发生发展中的重要作用，不但丰富了拷贝数变异对肝癌发生发展的机制，强化了遗传学改变与表观遗传学调控的关系，同时也完善了细胞lncRNA的调控网络，深化了lncRNA对肿瘤发生作用的多样性和重要性。