研究与试验发展(R&D)活动是科技创新的灵魂和核心,R&D投入效率对于一个国家的技术发展水平、经济发展后劲有着至关重要的影响。因此,提高我国R&D投入效率是增强我国自主创新能力、建设创新型国家的必经之路。我国R&D经费投入逐年增长,R&D人员投入也不断加大,但是这些巨大的投入并没有带来与之相匹配的R&D产出,且R&D产出在各区域之间又表现出极大的差异。因此,探索区域R&D投入效率,对于缩小区域自主研发水平的差距,提高区域科技创新能力,从而达到区域经济持续、健康的发展具有非常重要的现实意义。我国经济社会虽然获得了巨大的成就,但同时也付出了高昂的代价,如不可再生资源过度消耗、自然环境破坏严重等。随着人口的增加以及经济总量的扩大,淡水、土地、矿产等战略性资源不足的矛盾将会日益尖锐。因此,必须要有长远的眼光,从可持续发展的视角,转变经济增长模式,在环境的承载范围之内实现经济、社会、生态的稳定与长足发展。本文基于R&D投入基本理论和可持续发展的基本理论,提出了面向可持续的R&D投入目标效益体系,该体系不仅涵盖了传统的科技成果目标,更从可持续发展的视角强调了R&D活动的经济效益目标、社会效益目标以及生态效益目标。并且运用格兰杰因果检验法实证了R&D投入与所提出的目标效益之间的因果关系。在可持续发展的视角下,构建了区域R&D投入效率评价体系,运用随机前沿分析(SFA)方法对我国区域R&D投入技术效率、经济协调效率、社会协调效率以及生态协调效率进行实证分析。实证结果表明:无论是技术效率、经济协调效率、社会协调效率还是生态协调效率在我国三大经济带之间都存在明显一致的阶梯状差距,即东部>中部>西部,空间发展极具不平衡。东部、中部、西部地区在技术效率水平上差距最小,在经济协调效率水平上差距最大,说明中西部地区在科技成果转变为现实的生产力,从而促进区域经济发展的过程中,存在效率偏低的问题。三大经济地带的生态协调效率和社会协调协调效率显著高于同一区域内的技术效率和经济协调效率,说明R&D投入在促进社会发展和生态和谐方面所作出的贡献是显著的。进一步地,本文构建了外部环境因素对于区域R&D投入效率影响的随机前沿分析模型,定量分析了政府资助、对外经济开放、工业化水平以及环境治理对于R&D投入效率的影响。最后从优化R&D资金投入结构、健全科技人才服务体系、构建科技成果转化平台体系、营造开放可持续的创新环境四个方面提出了提高我国区域R&D投入效率的对策建议。