长链非编码RNA在胰腺导管腺癌表达谱分析

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[研究目的]本实验旨在观察长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)在胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)及相应癌旁组织中表达谱的变化,建立胰腺导管腺癌组织差异lncRNA/mRNA共表达网络,筛选差异表达的lncRNA并初步探讨其在胰腺导管腺癌中的作用机制。[研究方法]提取胰腺导管腺癌及相应癌旁组织的总RNA并纯化,检验RNA质量,合成cRNA,使用高通量生物微阵列芯片检测癌及癌旁组织中的lncRNA/mRNA,比较癌及癌旁组织中lncRNA/mRNA差异表达情况,筛选出差异表达的lncRNA/mRNA,建立lncRNA/mRNA共表达网络。经过差异倍数分析、网络邻近编码基因分析等生物信息学方法筛选可能在胰腺导管腺癌中发挥重要作用的lncRNA,验证其在胰腺导管腺癌中的表达,结合文献分析共表达网络中基因在胰腺癌中的作用,初步探讨差异表达lncRNA在胰腺导管腺癌中的可能作用机制。[结果]1.与癌旁组织相比,胰腺导管腺癌组织的lncRNA/mRNA表达谱发生了明显变化,差异具有统计学意义(P﹤0.05)。2倍以上变化的lncRNA有4634条,其中上调的共2365条,下调的共2269条;5倍以上变化的共612条,其中上调的共477条,下调的共135条。2倍以上变化的mRNA有4862条,其中上调的共3857条,下调的共1005条;5倍以上变化的共976条,其中上调的共885条,下调的共91条。据此构建了胰腺导管腺癌组织lncRNA/mRNA共表达网络。2.生物信息学分析提示lncRNA AK123493可能在胰腺导管腺癌发生发展中发挥了重要的作用。RT-PCR证实lncRNAAK123493在癌组织中的表达量明显高于癌旁组织且差异具有统计学意义(P<0.05)。文献分析提示lncRNAAK123493可能通过一种或多种途径参与了胰腺癌的发生发展过程。[结论]1.与癌旁组织相比,胰腺导管腺癌组织lncRNA存在差异表达。2. LncRNA AK123493可能通过一种或多种途径参与了胰腺导管腺癌的发生发展过程。
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