1876年,约翰·霍普金斯大学的建立标志着美国真正开启了研究生教育,它开创性地建立了凌驾于本科生院之上的研究生院,由此美国大学教育系统逐渐形成了一种独特的双层体制,这种“双层体制”,将本科生教育与研究生教育分别安排在不同层次的组织机构中进行,本科生主要集中在本科生学院学习,研究生则分散在各个专业学院亦即研究生院学习。双层体制经历了研究生院建立、叫停本科生院、双层体制最终形成的一个渐进的历史进程。探究双层体制的形成原因,从保留本科生院方面来看,美国当时的教育水平无法直接开展德国式的研究生教育;维持本科生传统的大学能够吸引校友源源不断的捐赠;美国的教育民主化促使本科生院成为高等教育普及的组织形式;美国校友对本科生院的归属感使得本科生院虽然屡屡被叫停,但是都被一直保留至今。从建立研究生院的原因来看,大批留德回国的美国人以及到美国高等学校任教的德国教师对德国大学模式的推崇促进了研究生教育的发展;研究生院之间的相互竞争促使研究生层次逐渐成为与本科生教育等量齐观的层级;全美大学联合会的建立使研究生院成为美国高校的正式组成部分,双层体制在这个过程中开始确立起来。但双层体制建立的根本原因在于美国政治论的高度教育哲学,这就决定了美国无法完全接受德国大学对精神实体纯理性主义的探索,创造出了一种新型的高层次人才的培养方式——研究生院,主要从事“纯科学”研究,同时保留了原来的本科生院,主要承担智力培养、为公众提供服务的职能。在组织形式上,本科生层次的类型可以分为本科生院、文理学院、本科生和研究生一体的专业学院;研究生层次的组织类型可以分为全校型研究生院、学院型研究生院和混合型研究生院。双层体制组织类型多样化的主要原因是美国自由市场式的高等教育体制。高等院校面向社会自主办学,在开放的高等教育体系中,各学校相互竞争的,为维护自身的地位从而形成独特的特征。双层体制在纵向上虽然分为两个层次,但是内部组织要素例如教师、课程在两层教育中不是并行存在,而是彼此相互交叉。这也说明这两个层次之间的关系:本科生层次是研究生层次的基础,同时研究生层次对本科生层次具有一定的提升作用;两个层次之间的界线趋向模糊。美国大学双层体制模式具有以下三个方面的意义:在纵向两层的教育结构中满足了社会和国家经济发展对不同层次和不同规格人才的需求。其次,双层体制实现了教学和科研的统一,并形成了本科生教育层次“通过教学进行研究”,研究生教育层次“通过研究进行教学”的特色。此外,两个层次分工协作,有利于人力、物力、资源的合理调配。即便如此,美国的双层体制也不是完全尽善尽美的,它将德国大学统一起来的教学和科研分化,带来了教学和科研两者的冲突和矛盾。首先表现在一套教师班子同时承担本科生和研究生教学分散了教师从事研究生教育的精力,不利于高水平教育的开展。其次就是本科教育和研究生教育的失衡。二战后,研究生教育进入繁荣发展阶段,本科教育质量受到忽视,两个层次严重失衡,完全倒向了研究生教育这一层次。