本文分别用变性PAGE与非变性PAEG分析鸡微卫星DNA。结果发现：在变性胶上纯合个体为一条带，杂合个体为两条带；而在非变性胶上，纯合个体为两条带，杂合个体为三或四条带，据分析原因可能与电压、温度及双链的构象有关；在判读DNA时，一般读取前面的带，纯合个体读前面一条，杂合个体读前面两条带。再根据里德伍克的分子量计算公式，算出的目的带分子量与测序结果完全相同。因此本文认为在检测微卫星时可以用非变性胶进行电泳，再结合测序与分子量计算公式是完全可行的。 选用5个多态性较好的微卫星标记，检测了山东省仅存的5个地方鸡种；日照麻鸡、寿光鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡，以及一个外来鸡种——安卡黄鸡(原产地为以色列)和一个外省地方鸡种——广西黄鸡的遗传多样性。共检测到40多个等位基因，其中以ADL136的等位基因数最多(10个)；而ADL146的等位基因数最少(5个)；其他位点等位基因数为8、9个不等。根据测试结果计算了每个等位基因的频率，并以基因频率为基础分析了品种内的遗传变异，得到了各品种的平均杂合度，从大到小依次为：莱芜黑鸡、日照麻鸡、安卡、广西黄鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡、寿光鸡。计算了Nei氏标准遗传距离(Ds)和D_A遗传距离，发现日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近，而鲁西斗鸡与其他鸡种距离都较远。根据两种遗传距离分别进行了NJ法和UPGMA法聚类，并用bootstrap重抽样技术对各系统发生树的可靠性进行检验，结果表明：D_A遗传距离的UPGMA聚类图比较可靠。在此图中，日照麻鸡与济宁百日鸡距离最近，首先聚在一起，bootstrap值为92％；安卡和广西黄鸡聚为一类，bootstrap值为80％；而鲁西斗鸡由于生产目的与培育方式的不同与其它肉用型、蛋用型的品种距离较远，单独为一类；最后三类在较远的距离相聚。在(D_A NJ)图中也发现安卡与广西黄鸡聚为一类，bootstrap值高达97％。根据Nei氏标准遗传距离得到的两张聚类图可靠性均较差。 每个微卫星位点选出1～2个等位基因进行测序，测序结果与分子量的计算结果是完全相同的。