《企业内部控制基本规范》第五条规定，企业建立与实施有效的内部控制，应包括内部环境、风险评估、控制活动、信息沟通与内部监督五要素。而内部环境是企业实施内部控制的基础，内部环境有广泛的范围，在众多环境因素中最基础的是治理结构，股权结构是公司治理体系的产权基础，管理体系中的产权通过治理机制也会影响内部控制的效率。本文从股权结构的角度出发，研究股权结构对内部控制有效性的影响，本文将采用案例分析法，从食品类上市公司中选取不同股权结构的企业，研究股权结构对内部控制有效性的影响机理。在剔除其他影响内部控制有效性的影响因素后，选取了上海梅林、三元股份、莲花味精、星湖科技、金达威、南方黑芝麻、三全食品、汤臣倍健作为分析对象，采用内部控制有效性评价体系，从股权集中度以及股东制衡度两个方面对内部控制有效性作出评价，也对非国有控股公司与国有控股公司的内部控制有效性作出了对比，从而得出:对于国有控股上市公司来说，股权集中度可提高公司的资产安全性、报告可靠性、经营效率与效果以及战略水平，对经营效益无显著影响，行政同源的国有股权制衡关系对合法合规性、资产安全性、经营效率、经营效果以及经营效益无显著影响;对于非国有控股上市公司，股权集中度可提高合法合规性、资产安全性、报告可靠性、经营效果与经营效益，对经营效率与战略水平无显著影响，非国有股权制衡股东在所有评价指标上对提高内部控制有效性均强于国有制衡股东与无制衡股东;非国有控股公司在合法合规性、报告可靠性、经营效益方面强于国有控股公司，在资产安全性、经营效率方面无差别，在战略水平上国有控股公司强于非国有公司。根据案例分析结论，本文提出保持适当的股权集中度、非国有控股公司选择适合自身发展的战略、国有控股公司可适当引入除非行政同源国有制衡股东的制衡关系、国有控股公司应加强对合法合规性报告可靠性及经营效益的重视的措施，以加强我国国有企业内部控制有效性建设水平。