癌症是目前威胁人类生命的重要杀手之一。对癌症的深入研究发现,个体化治疗是目前最有望治愈癌症的方法。作为一种基因疾病,对癌症个体进行基因分型研究对于指导和实现个体化治疗必不可少。基因分型的分子遗传标记包括限制性片段长度多态性(RFLPs)、微卫星位点(STRs)、单核苷酸多态性(SNPs)和拷贝数变异(CNVs)等。由于癌症发病的复杂性,基于全基因组关联的CNVs研究成为其基因分型的重要手段。比较基因组杂交芯片技术结合了比较基因组杂交技术和芯片技术的优点,具有高通量,易于实现自动化的优点,因而成为CNVs研究的主要手段。聚合酶链式反应是体外扩增DNA的有效方法。利用PCR法扩增探针,探索更为有效的芯片制备条件,为全基因组比较基因组芯片的制备打下基础是论文的主要任务。论文包含以下内容:1.探针扩增:我们设计了 1700万条特异探针覆盖了全基因组。这些探针通过原位合成之后被分为12个探针文库。使用不同的引物对组合从探针文库中分离扩增23033个探针集,每个探针集包含700条不同的探针,覆盖128kb的基因组区域。我们通过三轮PCR来扩增探针得到足够用于芯片点样的探针量。每轮PCR的反应条件都经过优化。2.探针制备:利用特殊设计的引物对连接PCR产物,沉淀,硅烷化用于与玻片进行共价连接。3.测试芯片制备:我们挑选了少量探针进行小型芯片的制备以探索芯片制备和芯片杂交的合适条件。我们最终确定了大规模探针处理和芯片制备的条件。4癌症aCGH芯片:通过文献搜索我们识别到11种癌症中共同发生拷贝数变化的140个区域。我们挑选了 3267条探针覆盖这些区域。3989条覆盖基因组其他区域的探针作为对照。用子宫内膜癌样品对芯片进行验证。