早在蒙古帝国建立前,聂斯脱利派(Nestorianism)基督教(唐代汉文文献称之为景教)就流传于蒙古高原。蒙古帝国及元朝建立后,聂斯脱利派基督教得到了广泛的传播。在这一时期,天主教也首次传入中国。作为中国历史上第一个由少数民族建立的统一的多民族国家,元朝采取宽容的宗教政策,允许境内各种宗教自由传教,故此基督教在元朝得到了发展。蒙元时期景教徒数量可观,几乎分布于全国各地,并广泛传播于社会各阶层,有帝室后妃、贵族和朝中的高官、孝子、良医、名宦、文臣学士、商人、军人和为农者等等。天主教也以北京和泉州为据点,传教于中国北方和南方。除景教和天主教外,基督教的其他派别也在中国境内有所流传。由于基督教徒人数众多,元统治者非常重视对基督教的管理,不仅制定了相关法律和政策保护基督徒,还分别在中央和地方设立崇福司和掌教司管理境内基督教各派事务。崇福司设立于1289年,1315年改为崇福院,1320年复为司,秩从二品,品级等同于道教的管理机构集贤院,低于管理佛教的宣政院(秩一品)。崇福司主要职责为管理境内基督教各派教徒、教堂和教职人员,并负责处理教徒之间的词讼。掌教司是设于地方的以教管教的机构。掌教司设立的年代、具体地区已无从细考。根据相关文献,考证出元代任掌教一职者有四名,且这四名掌教均为景教徒。崇福司是中国历史上第一个专门管理基督教事务的中央机构,它的设立不仅促进了境内基督教的传播和发展,还加强了对境内基督教事务的管理。