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诺丽（Morinda citrifolia Linn）是一种重要的药用植物,诺丽果发酵汁含有多酚、环烯醚萜类、多糖等功效成分,具有抗炎、抑菌、抗氧化、抗肿瘤等多种生物活性。目前国内外对诺丽果发酵汁中功效成分的分离、鉴定开展了较多工作,但是对于诺丽果发酵过程中菌群组成及其与功效产物的关系认识仍然不足。本文通过对诺丽发酵过程中的微生物群落和功效代谢产物动态变化进行分析,在此基础上进一步探讨微生物菌群组成与功效产物形成的关系。研究结果可为诺丽果发酵汁的品质提升及产品开发提供理论依据。论文的主要研究结果如下:（1）在分类上,细菌群落共鉴定出26个门,418个属,260个种。真菌群落共鉴定出6个门,77个属,116个种。发酵不同阶段微生物结构发生了较显著变化,发酵前期（3 d～30 d）丰度值较高的细菌为醋酸杆菌属（Acetobacter）、葡糖杆菌属（Gluconobacter）和不动杆菌属（Acinetobacter）,占比总量达90%以上;发酵后期（40 d～60 d）丰度值较高的为醋杆菌属（Acetobacter）、葡糖杆菌属（Gluconobacter）和葡糖醋杆菌属（Gluconacetobacter）,三者占比总和达95%以上。真菌的优势菌为毛霉属（Mucor）,含量始终在90%以上。采用宏基因组学技术进一步深入分析,菌种水平主要微生物为:未鉴定醋酸杆菌（Acetobacter unclassified）、醋化醋杆菌（Acetobacter aceti）、弗托氏葡糖杆菌（Gluconobacter frateurii）、未鉴定葡萄糖杆菌（Gluconobacter unclassified）,占比分别为:56.90%、18.78%、17.31%和8.04%。（2）基于代谢组学技术共定性、定量检测到31种游离氨基酸（8种必需氨基酸、2种非必需氨基酸、21种其他氨基酸）及31种功效成分（14种酚酸、11种黄酮、6种环烯醚萜类化合物）。总氨基酸含量随发酵时间延长含量显著上升,发酵前期较发酵起始点上升了61.78%,发酵后期较发酵起始点上升了80.59%。发酵前期vs发酵起始点、发酵后期vs发酵起始点、发酵后期vs发酵前期样品间差异氨基酸数量分别为14、16和6个。发酵过程中主要涉及的氨基酸代谢通路包括:精氨酸的生物合成,丙氨酸、天门冬氨酸和谷氨酸代谢,苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸的生物合成,谷胱甘肽代谢,苯丙氨酸的代谢,精氨酸和脯氨酸的代谢,组氨酸代谢等。酚酸类化合物中,阿魏酸、反式-4-羟基肉桂酸、2,5-二羟基苯甲酸、对香豆酸、丁香酚分别比发酵起始点提高了846.35%、20.33%、138.71%、521.81%和424.90%;黄酮类物质中,槲皮素、异鼠李糖、黄芪苷、金丝桃苷和橙皮苷均在发酵前期达到最高值,最高值与发酵起始点相比分别提升了5.81倍、7.63倍、25.25倍和43.95倍;环烯醚萜类化合物中,车业草苷酸、车叶草苷含量最高值较发酵起始点分别提高了139.61%和134.89%。发酵前期vs发酵起始点、发酵后期vs发酵起始点、发酵后期vs发酵前期样品间差异功效物质数量分别为20、21和11个。主要涉及的关于酚酸类、黄酮类、环烯醚萜类化合物的代谢通路包括:黄酮和黄酮醇的生物合成,苯基丙酸的生物合成,黄酮类化合物的生物合成,二级代谢物的生物合成--未分类,联苯醌和其他萜类醌的生物反应,酪氨酸代谢等。（3）构建O2PLS模型对诺丽果发酵过程中的微生物和氨基酸之间的相关性进行分析:微生物中85个种的自变量重要性指标(VIP（pred）)的变化范围在0.149～1.636之间,其中VIP（pred）大于1.0的微生物有33个种,其中对氨基酸合成有重要影响的细菌有16个种,它们的VIP（pred）值均在1.60以上。VIP（pred）值在1.40～1.60之间的微生物包括6个种,在1.0～1.4之间的微生物包括11个种。共有12种微生物对氨基酸的合成代谢产生贡献,25种游离氨基酸与微生物强相关。另外,对微生物和功效成分相关性分析结果表明:微生物中85个种的自变量重要性指标(VIP（pred）)的变化范围在0.13～1.58之间,VIP（pred）大于1.0的微生物有33个种,其中细菌有18个种对功效成分含量有重要影响,VIP（pred）值均在1.50以上。Acetobacter aceti与6种功效成分相关,Gluconobacter thailandicus与5种功效成分相关,Gluconobacter oxydans与7种功效成分相关,Acetobacter unclassified与4种功效成分相关,Gluconacetobacter unclassified与2种功效成分相关,Gluconobacter frateurii与6种功效成分相关,Pantoea unclassified与2种功效成分相关,Gluconobacter unclassified与1种功效成分相关。