2008年10月,安徽省委按照胡锦涛总书记视察安徽时的指示精神,在原有合肥国家科技创新型试点市的基础上扩展范围,深化内涵,建立了合芜蚌自主创新综合配套改革试验区。合芜蚌自主创新综合配套改革试验区建立两年以来,合肥、芜湖、蚌埠三市充分发挥主体作用和科教优势,积极作为,在促进自身发展同时,在更大范围内引导创新资源合理配置,打造了一个以科技创新为特色的区域品牌。通过合芜蚌三市的率先突破,有效带动全省提高自主创新能力,特别是在应对国际金融危机,促进经济平稳较快发展,推进经济结构调整和发展转变中,发挥了重要作用。今年是“十二五”规划编制重要的一年,随着国内外经济走势的不断变化,“十二五”时期,试验区建设将面临新的发展机遇与挑战。适时评估试验区政策实施情况,对充分发挥叠加效应,统筹推进试点省和试验区建设,加速提升我省企业自主创新能力和产业核心力,以创新理念科学编制“十二五”规划,实现我省跨越式发展有着重要意义。合芜蚌自主创新综合配套改革试验区建立两年多来,出台了一系列支持试验区自主创新的政策措施。但在现实操作中,有些政策的制定、执行还存在一定问题,没有充分发挥支持、促进试验区自主创新的政策效果。因此,在编制“十五”规划的总体框架下,设计科学合理的自主创新试验区政策措施,是促进试验区在“十二五”期间跨越发展的重要任务,也是当前“十二五”规划编制工作的重要课题。基于上述情况,本文首先对公共政策分析理论和区域经济学理论做了分析综述,归纳整理了两年来安徽省委省政府及合芜蚌三市制定的自主创新相关政策措施,并按照政策目的,对这些政策进行分类、举例分析。针对我省合芜蚌自主创新综合配套改革试验区自主创新政策制定、实施现状,分析目前实施的各项自主创新政策中存在的主要问题并提出政策建议。文章以蚌埠市自主创新试验区建设为案例,结合“十二五”规划对自主创新试验区的要求,针对自主创新政策的进一步完善制定,提出了一些建议和办法,以期对实践有所裨益。