国家“十一五”规划纲要提出的主体功能区战略为协调区域发展中开发与保护的关系提供了一个新的思路与平台。从区域土地利用的角度来看，主体功能区战略的实施必须落实到空间，并与土地利用模式及其组合方式相结合。不同的土地开发、利用、整治、保护(Development，Use，Harness and Protection，DUHP)优先组合将会形成不同的区域土地利用结构和空间分布格局，产生不同的生态、社会、经济效益.因此将土地利用模式与主体功能区战略相结合，确定与主体功能区划定相适宜的土地开发、利用、整治、保护(DUHP)组合方式，具有重要的理论与现实意义。 文章应用德尔菲法( Delphi)与层次分析法(AHP)分析土地开发、利用、整治、保护(DUHP)组合的优先度，通过专家访谈分析不同主体功能区战略下适宜的DUHP优先度组合模式。确定在优化开发战略下适宜的DUHP组合次序为U-H-D-P，重点开发战略下为D-U-H-P，限制开发战略下为H-P-U-D，而在禁止开发战略下则为P-H-U-D。 土地利用作为一个巨大的生态、社会、经济系统，需要系统的研究.本文从人口、资源、环境、发展(Population，Resource，Environment and Development，PRED)的角度出发，分析主体功能区战略对区域土地利用的影响，并根据区域土地利用的系统动力学特征，确定主体功能区、土地利用、人口、资源、环境、发展六个子系统的变量(元素)与系统边界，分析变量间的因果关系，并形成相应的系统流图，从而建立区域土地利用的系统动力学模型。以浙江省遂昌县为例，以不同的主体功能区战略以及相适应的土地开发、利用、整治，保护(DUHP)优先度组合模式为情景，进行模拟分析。通过辅助子系统合理性检验、参数敏感性分析以及历史数据吻合性检验、验证该模型参数选择的合理性和总体功能的有效性。研究发现系统动力学模型能将主体功能区战略与土地利用优先度组合相结合，并使其具有良好的反馈机制。同时，情景模拟结果表明不同主体功能区战略及相适应的DUHP优先度组合次序下的土地利用结构存在显著差异。 最后结合案例的主体功能区战略定位，分析其土地利用，在情景模拟的结果上，从宏观层面针对城乡建设用地控制政策的城乡建设用地增减双挂钩，耕地保护政策中的耕地占补平衡，生态用地保护政策中的退耕还林进行了分析，为相应政策的制定提供参考依据。