长喙厚朴（Houpoea rostrata（W.W.Smith）N.H.Xia＆C.Y.Wu）是一种仅分布于云南腾冲、贡山、泸水、云龙及碧江一带,以及在西藏墨脱也有分布的物种。本种的主要化学成分有重要的药用价值,但长喙厚朴的自然环境不断被破坏,且在厚朴属（Houpoea N.H.Xia＆C.Y.Wu）中位置存在疑问。因此,对长喙厚朴叶绿体基因组的研究不仅能对系统分类与保护开发打下基础,还能为长喙厚朴的分子标记以及系统进化等研究做出贡献。本研究开展了长喙厚朴的叶绿体基因组研究,同时对厚朴属内的厚朴（Houpoea officinalis var.officinalis（Rehder＆E.H.Wilson）N.H.Xia＆C.Y.Wu）和凹叶厚朴（Houpoea officinalis var.biloba（Rehder＆E.H.Wilson）Sima＆Hong Yu）也进行了叶绿体基因组相关研究。厚朴属是我国重要的中药材之一,但从系统发育的角度看,厚朴属内的物种及地位没有定论,在科内的位置和范围也有争议。所以通过探讨三种物种的叶绿体基因组,有利于明确厚朴属范围及在科内的位置,理清厚朴属在分类上的混乱关系。通过对长喙厚朴、厚朴及凹叶厚朴的叶绿体全基因组的测定、分析。获得长喙厚朴Genbank（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）登录号MW800876,厚朴登录号OM912809,凹叶厚朴登录号OM912810。填补了长喙厚朴叶绿体全基因组的研究,并分析统计了密码子偏好性、重复序列、变异位点（SNP、In Del）、IR区边界、叶绿体基因组比较的研究,明确了长喙厚朴在厚朴属内的分类地位,并进一步确认了厚朴属的范围和系统位置。主要结果如下:1.长喙厚朴的叶绿体全基因组序列全长为160070 bp,双链环状结构。经过注释以后发现了131个基因,CDS（86）,r RNA基因（8）,t RNA基因（37）。序列总的GC含量为:39.3%。2.有49个SSR位点,大多数是单碱基重复（85.71%）;重复单元大多数是A/T,有38个（90.48%）。3.在密码子使用方面,共找到13个最优密码子,分别是UUU、UCC、UCA、CCA、ACA、GCA、UAU、CAA、AAU、GAU、CGA、AGA、GGA,偏好以A/U结尾。而且通过作图分析发现,自然选择对长喙厚朴的密码子偏好性的影响起主导作用。4.把长喙厚朴与厚朴叶绿体基因组序列相比较,发现830个In Del位点以及SNP位点,与凹叶厚朴比较发现754个,而厚朴与凹叶厚朴做比较发现360位点,都基本分布于基因间隔区。5.IR边界比较中,长喙厚朴在LSC区出现rpl22基因,而长喙厚朴的ycf1基因也和厚朴另外两个种不同。6.基因组比较中,长喙厚朴与本属三瓣厚朴、日本厚朴及天女花属的天女花序列相似度最高,在LSC区域与其他物种存在较多差异。7.系统发育树表明,厚朴属的范围和系统位置与司马永康-陆树刚的木兰科系统一致。厚朴属内长喙厚朴与其他四个物种聚在一起。