虽然国家对高校教育投入的力度逐年加大,经费资源不断增加,但高校教育资源稀缺这一情况依然存在着。面对稀缺的资源,设立研究生院的高校面临着如何更加合理地对教育资源进行优化配置,从而提高研究生院高校投入产出效率等问题。基于DEA方法对我国研究生院高校投入产出效率进行研究。本文利用2010-2012年高校统计资料,基于因子分析对指标进行筛选,构建了我国研究生院高校投入产出指标体系,应用DEA方法对面板数据进行分析,对不同效率的变化情况进行分析,运用马姆奎斯特指数进一步分解效率值；在因子分析的基础上,结合DEA方法分析技术效率、纯技术效率和规模效率的走势,并从全国区域角度分析规模报酬情况,力图在此基础上探究我国高等教育在投入产出改进空间。从整体来看,纵观三年的规模报酬变化发现：41所研究生院高校整体规模报酬相对均衡,规模报酬递减呈V字型走势,规模报酬不变成正V字型走势,规模报酬递增呈平缓走势,所以目前的规模报酬不具有一定的可持续性。高校技术效率的改善是由规模效率的提高而起了主要贡献作用,高校全要素生产指数的改善主要是由技术效率的提高而起主要贡献作用,高校技术效率的下降是主要有规模效率的拖累作用所致。