新疆是农业产品重要生产地之一,本文从新疆农产品中的发酵食品入手,对泡菜中含有的致病菌:表皮葡萄球菌;嗜盐菌:耐盐芽孢杆菌,盐单胞菌进行了鉴定。食源性致病菌它是长期以来危害人类身体健康的重要因素之一,影响着地区的经济发展,是目前公共卫生所需要解决的难题之一。而对于嗜盐菌而言,嗜盐菌属于古菌的一种,而且具有很高的研究价值,例如在泡菜食品中它能够很好地分解酪蛋白,提高发酵食品的风味,除此之外由于其高效的解盐能力,能很好地处理工业污水,因此它具有很高的经济效益。但是对于南疆地区而言,一是公共卫生条件较差,误食食源性病菌发病率较高,而对于何种病菌致病并没有很好地检测手段。二是南疆多为盐碱地区,能够开发当地的特色菌种,对于农业还是工业发展都会较大的好处。因此本文采用了差分拉曼（Shifted exci-tation Raman difference spectroscopy-SERDS）和表面增强技术（Surface-Enhanced Raman Scattering,SERS）相结合的方法对表皮葡萄球菌,耐盐芽孢杆菌,盐单胞菌进行了检测,并得到其特有的指纹图谱,从而实现对菌种快速检测的目的。后期还初步设计了关于微生物检测的微流控芯片,实现了对微生物样品进行便模式采集以及增强剂附着的功能,并利用该芯片对生羊肉中的金黄色葡萄球菌进行了拉曼峰位的指认,本文主要的研究内容如下:（1）通过紫外分光仪对金银溶胶表征最终得到了金银溶胶增强剂最佳配备方式为新制备,加热时间为45分钟,pH为7的结论。（2）通过飞行时间质谱的鉴定得到表皮葡萄球菌在菌类种水平检测下高度可信;耐盐芽孢杆菌,在菌类属水平检测下高度可信。并由此试验可知,在未知菌种的条件下,飞行时间质谱具备鉴定某一菌种的能力,为后期利用拉曼对三类菌种进行鉴定打下了身份基础。（3）通过差分拉曼和表面增强技术相结合对菌种进行检测的试验证明了表葡萄球菌分别在金银溶胶的增强下,其特征峰位置信息除1460cm^-1左右外,其它均不相同,且金溶胶增强的位置信息效果要好于银溶胶。本试验得到了耐盐芽孢杆菌和盐单胞菌在金溶胶的增强下,三类菌种在728cm^-1处均有增强,两种嗜盐菌在955cm^-1处会有共同的增强峰。且对于三类菌种SERS光谱差别明显,可以通过光谱进行直接判别。还得到了耐盐芽孢杆菌在1521cm^-1左右,所代表的古菌特征物质类胡萝卜素有增强,盐单胞菌在558cm^-1,1401cm^-1左右,所代表的特征物质海藻糖和四氢嘧啶有增强,这可以作为判别二种菌的依据。（4）通过对微流控芯片初步的的设计,解决了芯片表面增强剂附着,菌类快速检测等功能。概述了芯片的设计以及相关制作流程,还利用拉曼光谱完成了对农产品中金葡萄球菌的检测过程。得到了金葡萄球菌6个拉曼特征峰,并对金葡菌的拉曼峰位进行了指认。