基于线粒体基因组的棕黑疣螈种组系统发育关系研究

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疣螈属(Tylototriton)隶属于两栖纲、有尾目、蝾螈科,该属物种为亚洲特有的生物类群,主要分布于中国南部、东南亚北部和南亚东北部。由于部分疣螈属物种的形态学特征相似,所以在一些物种的分类问题还没有明确的结论,并且其内部的系统发育关系也还存在疑问。线粒体基因组由于具有进化速度快、无组织特异性、母系遗传、分子量小易获得等特点而被广泛引用于两栖动物的系统发育研究。本研究通过PCR的方法测定了文县疣螈(T.wenxianensis)大凉疣螈(T.taliangensis)川南疣螈(T.pseudoverrucosus)、滇南疣螈(T.yangi)、贵州疣螈(T.kweichowensis)、缅甸疣螈(T.shanorum)、红瘰疣螈(T.shanjing)以及2个棕黑疣螈(T.verrucosus)共8种9个疣螈个体的全线粒体基因组序列,分析研究了其结构特征,并结合GenBank中已发布的38条有尾类线粒体基因组序列,研究了疣螈属的系统发育关系和分化起源。主要研究结果如下:1、9个疣螈线粒体基因组结构特征分析本研究中9个线粒体基因组的长度在16,265 bp-17,096 bp之间,线粒体基因组的基因组成和基因排布与大多数脊椎动物的一样。疣螈线粒体基因组的AT含量都较高;绝大部分蛋白质编码基因都以密码子ATG为起始,只有COI基因的起始密码子为GTG,而终止密码子则使用了完全终止密码子TAA、TAG、AGA以及不完全终止密码子T;大部分完整的tRNA都能够折叠形成典型的三叶草二级结构,而tRNASer(AGY)缺少DHU环。在tRNAThr基因和tRNAPro基因间发现长度不等的非编码序列区,而类似的非编码序列在其他现有的有尾类线粒体基因组中也有报道。比对发现滇南疣螈、贵州疣螈、缅甸疣螈、红瘰疣螈和两个棕黑疣螈的非编码序列与相邻的编码基因,发现可组成串联重复结构,并且在系统发育关系结果中发现具有串联重复序列结构的6个疣螈物种构成了一个单系群,说明串联重复序列可能是单一起源。2、疣螈属系统发育关系基于线粒体基因组13个蛋白质编码基因的核苷酸序列,使用贝叶斯推断法和最大似然法分别构建了蝾螈科系统发育树。结果显示在蝾螈科内,真螈属位于进化树的基部位置,随后依次分化的是真螈类、原始蝾螈和现代蝾螈(包括现代欧洲蝾螈、现代亚洲蝾螈和其他欧洲蝾螈)物种。疣螈属物种构成了一个单系并与棘螈属形成姐妹群关系位于原始蝾螈进化支内,而疣螈属内分成了两个类群,分别对应棕黑疣螈种组和细痣疣螈种组。在棕黑疣螈种组中,分布于中国四川南部的大凉疣螈和川南疣螈聚为一支,而采自中国云南和缅甸的滇南疣螈、棕黑疣螈、红瘰疣螈、贵州疣螈以及缅甸疣螈则聚为另一支。种间遗传距离和系统发育结果显示,本研究中采自陇川县的棕黑疣螈和大理的红瘰疣螈可能为同一物种。3、疣螈属的起源和迁移基于线粒体基因组中全部蛋白质编码基因的核苷酸序列,使用松散分子钟模型估算蝾螈科分化时间。结果支持蝾螈科物种起源于欧洲的观点,并且显示可能在的白垩纪晚期(约6,790万年前)开始发生分化。而疣螈属很可能是在渐新世晚期盖尔图海峡消失之后(约2,900万年前)从欧洲迁移进入亚洲,然后经西亚沿喜马拉雅山脉迁入东南亚地区。
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