本研究运用ISSR分子标记技术研究多倍体无籽罗汉果育种材料的遗传背景，进行了亲本育种材料二倍体(2x)与四倍体(4x)的ISSR分析、F1代三倍体(3x)无籽罗汉果雌株与二倍体(2x)雄株的ISSR分析、以及F1代三倍体(3x)与亲本四倍体(4x)、二倍体(2x)的遗传倾向性分析。主要研究结果如下：　　 1、从100个引物中筛选出13个ISSR引物，分别对亲本材料2x与4x、F1代3x雌株与2x雄株、F1代3x与亲本4x、2x等三类材料进行了ISSR多态性分析。在这三类材料中，扩增的总条带数为125-131条，其中多态性带为92-99条，多态性百分比为70.77％-75.57％。不同引物扩增的结果均表现出了不同程度的多态性和共同性，说明了多倍体无籽罗汉果育种材料遗传背景的复杂性和共同性。　　 2、亲本育种材料2x与4x的遗传相似性系数为0.5939-0.9234，相近品种的遗传相似性系数高、遗传距离小，同源材料之间的相似性系数有高有低。其中最适合作为杂交育种的2x母本和2x父本分别是F206（科研l号C株系）和M205（冬瓜果）。结合遗传相似性系数、聚类图和主坐标分析，以相似性系数0.8525作为多倍体无籽罗汉果亲本育种材料2x、4x杂交选择的标准，亲本组合间的相似性系数小于该值，可认为亲缘关系较远，适于选作杂交亲本：其中2x母本与4x父本的杂交组合中，组合F206×M402（雄株2号）相似性系数最低(0.6858)，最适合作亲本杂交组配；而在4x母本与2x父本的杂交组合中，组合F404（红毛果）×M204（红毛果）、组合F404（红毛果）×M205的相似性系数最小(0.6782)，也是最佳的亲本杂交组合。　　 3、F1代3x无籽罗汉果雌株与2x雄株的遗传相似性系数为0.6399-0.9157，相同亲本杂交所得的F1代3x遗传相似性系数高、遗传距离小。结合遗传相似性系数、聚类图和主坐标分析，以相似性系数0.86作为杂交选择的标准，其中M205最适合作2x父本，以组合F311[♀农家品系(4n)×长♂滩果(2n)]×M205的相似性系数最小(0.6399)，是最佳的杂交组合。　　 4、F1代3x与亲本4x、2x的相似性系数为0.6399-0.8566，F1代3x与4x母本之间的平均相似性系数均高于其与2x父本之间的平均相似性系数，说明了F1代与母本比与父本在遗传上更相似，即子代从母本继承的遗传物质更多，遗传上更可能倾向母本多些。结合聚类图和主成分分析，可知：基本上子代和母本排列并聚在一起，而且父本、母本、子代彼此之间距离相对较近的聚在一起。综合上还是体现了“子似亲”的遗传现象，并可初步推断F1代的遗传倾向于母本。