合作创新作为企业提升创新能力、增强核心竞争力的有效途径，其过程中伴随的知识产权风险严重阻碍着企业合作创新的构建与运行。如何识别、评估与控制合作创新中的知识产权风险成为了企业关注的焦点。本研究以企业间合作创新为研究对象，运用理论分析和实证研究相结合的方法，以企业间合作创新和知识产权风险管理的相关理论为指导，构建合作创新知识产权风险影响因素概念模型，运用系统动力学理论分析各影响因素的作用机理，设计调查问卷，对模型有效性进行检验，最后进行仿真模拟。本文的企业间合作创新知识产权风险影响因素概念模型从外部环境、合作创新主体以及合作创新客体三个维度进行。外部环境因素细分为经济发展水平、国家知识产权法律制度、社会知识产权保护意识；合作创新主体因素细分为企业高层的管理能力、员工的流动频率、企业知识产权保护制度、成员间的信任程度、合作契约的完备性、合作动机；合作创新客体因素细分为无形资产获取与维持成本、无形资产分类测量的明晰度。分析了影响因素之间的因果关系，构建了企业间合作创新知识产权风险系统的因果回路图，建立了合作创新知识产权风险的系统动力学模型。在系统动力学模型的基础上，设计了调查问卷，调查了100家山西省参与过合作创新的企业高层管理者，运用Vensim软件对合作创新知识产权风险的系统动力学模型进行有效性检验和仿真研究。通过仿真研究发现，合作时间越长，合作双方面临的知识产权风险呈下降趋势，并且在外部环境因素中社会知识产权保护意识对风险影响最大，经济发展水平影响最小；在合作创新主体因素中员工的流动频率对风险影响最大，合作动机影响最小；在合作创新客体因素中无形资产获取与维持成本对风险影响最大，无形资产分类测量的明晰度影响最小。