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猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)可引起断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)、猪皮炎与肾病综合征(PDNS)、猪呼吸道疾病综合征(PRDC)、猪先天性振颤、母猪繁殖障碍、猪增生性和坏死性肺炎等疾病。PCV2病毒在国内外广泛流行,造成猪的生长迟缓,饲料报酬降低,PCV2感染主要造成机体的免疫抑制,从而引起机体的继发感染而造成其它疾病的发生,给世界养猪业造成了巨大的经济损失。PCV2根据抗原性及基因组组成不同,可分为两种血清型,PCV1和PCV2。普遍认为PCV1没有致病性,但其广泛存在于猪群中,目前普遍认为PCV2存在两种基因型PCV2-1(PCV2-422基因型)和PCV2-2(PCV2-321基因型)即为PCV2b和PCV2a。在美国、加拿大等及一些欧洲国家PCV2a和PCV2b两种基因型均存在。通过鉴别PCV2a和PCV2b两种基因型的PCR方法对我国湖南、湖北、河南、山东、上海、重庆、浙江、福建、安徽、广东、辽宁11个省(市)235份PCV2阳性样本(肺、心、肾、脑、腹股沟淋巴结、肠系膜淋巴结等)进行检测。结果10份病料为PCV2a基因型,检出率为4.2%;133份病料为PCV2b基因型,检出率为56.6%。通过流行病学调查,说明PCV2a和PCV2b两种基因型已在我国广泛流行,并且PCV2的流行毒株主要以PCV2b基因型为主,检测结果发现还有不能分型的PCV2存在。本实验利用PCR技术对PCV2全基因组进行扩增,扩增来自湖南、湖北、浙江、河南、山东、广东的PCV2阳性样品的核苷酸序列,将扩增片段克隆在pMD18-T载体,经氨苄青霉素抗性筛选,PCR及限制内切酶ClaⅠ和HindⅢ双酶切鉴定,获得37个不同PCV2株全基因组片段的阳性重组质粒。对目的片段进行核苷酸序列测定,扩增片段大小为1767bp和1768bp,与资料报道相符。利用BioEdit和DNAStar序列分析软件,对选择具有代表性的11条PCV2全基因序列(已登录到GenBank)与GenBank国内外的PCV2毒株序列进行同源性分析比对并绘制系统发育树,表明各毒株之间同源性为94.3%～99.7%,PCV2a毒株同美国分离株EU594437和日本分离株AB426905同源性很高,分别为96.7%～99.0%,PCV2b毒株同中国分离毒株FJ158606和EU647557同源性很高为98.6%～99.5%。通过ORF2基因氨基酸序比较,发现ORF2编码的衣壳蛋白氨基酸存在3个区域53～92aa、121～136aa、190～215aa为高变区,且分析发位于ORF2编码蛋白的抗原表位,利用MEGA4.1序列分析软件,分析37株国内PCV2流行毒株基因序列,表明系统发育树可明显分成3个主要分支,分析可知为PCV2a和PCV2b 2种基因型,另一个分支命名为PCV2c,是否有这个基因型还有待于进一步研究。