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西瓜(Citrullus lanatus)属葫芦科，是一种具有悠久栽培历史的世界性的园艺作物;是我国重要的蔬菜作物，在农业结构调整与农民增收中发挥着重要作用。利用已获得的最大限度准确反映遗传多样性关系的核心引物组合，建立了西瓜品种DUS分子测试技术，并构建了标准品种的DNA指纹图谱;同时利用这一技术对建库的788份西瓜材料进行了群体结构分析;通过基于计算机系统的指纹图谱库管理系统，形成了人机对话模式。具体内容如下:
1.采用23个核心引物组合和56个形态标记分析西瓜DUS测试指南中24份标准品种的遗传多样性。核心引物组合共扩增73个多态性位点，多态性比率为73.74％，PIC值平均值为0.38;在遗传相似系数0.80处将24份标准品种分为3类。利用56个形态标记，在遗传相似系数为0.66处将标准品种分为2类，各生态类型混杂。形态相似系数和分子遗传相似系数二者之间的相关系数仅为0.186，没有相关性，分析结果表明:核酸指纹分类比传统形态学分类更为准确。
2.采用二维(QR)编码构建了西瓜24份标准品种的SSR指纹图谱，并利用分子测试技术进行了DUS分子鉴定，保护品种“京欣2号”与对照品种“京欣1号”品种间遗传相似系数为0.89，比形态学鉴定的差异位点更多。
3.利用PowerMarker3.25软件对788份西瓜种质资源材料进行遗传多样性分析，在遗传距离为0.477处将788份资源分为5类，即美洲生态型、东亚生态型、野生种、egusi类型及Citroides类型。同时利用STRUCTURE软件进行了群体结构分析，揭示了每一份材料的血缘组成情况。
4.构建了788个西瓜品种的指纹图谱数据库，并通过基于计算机软件的数据库管理系统，实现了人机对话。