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隐孢子虫(CVyptosporidium)、芽囊原虫(Blastocystis spp.)、毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi),是三种具有人兽共患性的肠道原虫,常经粪口途径传播,流行范围广。羊球虫病(Coccidiosis)是由艾美尔属(Eimeria)的多种球虫寄生于山羊或绵羊肠黏膜上皮细胞内引发的一种肠道原虫病。主要易引起羊的生长代谢缓慢及繁殖能力下降,在羊的任何生长阶段都有可能感染该病,其中羔羊最易感染,并且死亡率极高。肠道原虫病不仅给我国畜牧业造成极大的经济损失,人兽共患的原虫还严重威胁到公共卫生安全。为了明确我国部分地区羊肠道原虫隐孢子虫、芽囊原虫、毕氏肠微孢子虫及球虫的流行情况及其病原的基因型分布,采集自新疆、内蒙古、辽宁等六省区共935份羊粪便样品,显微镜检测结合分子流行病学调查,探索我国上述地区肠道寄生虫感染情况及隐孢子虫、芽囊原虫、毕氏肠微孢子虫基因型分布,评估采样地区肠道原虫的人兽共患风险。采用卢戈氏碘液染色法、离心沉淀法、饱和蔗糖溶液漂浮法对我国河南、贵州、陕西、辽宁,内蒙、新疆六个地区的935份羊粪便样品进行显微镜检查。肠道寄生虫总感染率为83.9%(784/935),其中,166份样品混合感染有2-4种肠道寄生虫。显微镜检测共发现7种肠道寄生虫,感染率分别为艾美耳球虫81.1%(758/935)、阿米巴原虫1 1.2%(105/935)、鞭虫3.2%(30/935)、圆线虫9.2%(86/935)、细颈线虫0.4%(4/935)、莫尼茨绦虫2.1%(20/935)、双腔吸虫0.1%(1/935)。其中艾美尔球虫为优势虫种。不同地区的感染率分别为河南 92.1(269/292)%、贵州 79.6(86/108)%、陕西100%(68/68)、辽宁100%(35/35)、内蒙古 87%(20/23)、新疆 75.5%(306/409)。分别扩增隐孢子虫、芽囊原虫SSU r RNA、毕氏肠微孢子虫ITS基因并测序,935份羊粪便样品中发现隐孢子虫阳性样品52份,总感染率为5.6%(52/935)。经测序比对分析,共发现三种隐孢子虫种,分别为肖氏隐孢子虫(C.xiaoi,n=20)、泛在隐孢子虫(C.ubiquitum,n=28)和微小隐孢子虫(C parvum,n=4)。其中泛在隐孢子虫(C.ubiquitum)为优势虫种。6省区中,河南羊隐孢子虫感染率最高,为16.8%(49/292),陕西和辽宁感染率分别为1.5%(1/68)和5.7%(2/35),而贵州、内蒙古、新疆均未发现隐孢子虫感染,其中人兽共患的隐孢 种类为C.ubiquitum,C parvum。基于SSU r RNA基因,935份羊粪便样品中发现芽囊原虫阳性样品1 12份。总感染率为12.0%(112/935)。共检测出6种芽囊原虫基因亚型,分别为ST 10、ST 1、ST 4、ST 5、ST 6、ST 14。其中河南鉴定出5种芽囊原虫业型,分别为ST 10、ST 1、ST 4、ST 5和ST 14,总感染率为31.5%(92/292)。贵州鉴定出2种芽囊原虫亚型,分别为ST 10、ST 6,总感染率为4.6%(5/108)。陕西鉴定出两种芽囊原虫亚型,分别为ST 10、ST 14,总感染率为7.4%(5/68)。内蒙鉴定出2种芽囊原虫亚型,分别为ST 10、ST 5,总感染率为39.1%(9/23)。辽宁仅鉴定出ST 10一种芽囊原虫亚型,感染率为2.9%(1/35)。新疆则没有检测到芽囊原虫阳性样品。检测到的芽囊原虫具有人兽共患基因亚型的为:ST 1、ST 4、ST 5、ST 6。基于ITS基因,935份羊粪便样品中发现微孢子阳性样品324份,总感染率为34.7%(324/935)。各地微孢子虫感染率分别为河南71.9%(210/292)、辽宁5.7%(2/35)、贵州26.9%(29/108)、陕西 44.1%(30/68)、内蒙 13.0%(3/23)、新疆 12.2%(50/409)。共检测出 11 种基因型,分别为 BEB6、CDE13、CHC8、CHD3、CHG1、CHG3、CHG5、COS-I、EbpC、I、OEBI、其中BEB6和CHC8为优势基因型。其中具有人兽共患风险的基因型为:Ebpc、EBE6、CHD3、CHG1、CHG3、CHG5、COS-1、I、OEB1。综上所述,本研究对我国部分地区羊肠道寄生虫进行调查,明确部分地区羊球虫、隐孢子虫、芽囊原虫和毕氏肠微孢子虫感染情况,以及三种人兽共患原虫的基因型分布。发现的隐孢子虫中有2种具有人兽共患性(C.ubiqutitum、C.parvum),芽囊原虫中有4种具有人兽共患性的基因亚型(ST1、ST4、ST 5、ST 6),微孢子虫中有9种具有人兽共患性的基因型(Ebpc、EBE6、CHD3、CHG1、CHG3、CHG5、COS-1、I、OEB1)。研究结果为羊肠道寄生虫病防控和公共卫生安全提供参考依据。