鄱阳湖生态经济区作为江西省和中国中部地区社会经济活动中心区域，已被纳入国家战略规划，是对江西原有区域发展战略的继承、提升和突破，同时也是对历次中央领导的重要批示精神的积极落实。近年来随着社会经济的快速发展，对该区域的生态系统压力日益增强，区内资源禀赋及产业的区域差异，使得该地区社会经济发展以及生态环境问题出现了明显的空间不平衡性，如何协调鄱阳湖生态经济区经济发展与环境保护的关系，调节区内环境与发展问题的利益冲突，实现区域和谐均衡发展就成为急需关注和迫切需要解决的问题。　　本文研究基于经济外部性、生态系统服务功能价值理论等理论，参照我国主体功能区区划的方法，借鉴前人对鄱阳湖生态经济区主体功能区以县区为基本单元的划分结果，按功能将鄱阳湖生态经济区划分出重点开发区、优化开发区、限制开发区和禁止开发区。并综合考虑鄱阳湖生态经济区的特殊性，结合各主体功能区及各个县市区的生态系统服务价值，得出各个区的生态补偿的标准，并在此基础上探讨了鄱阳湖生态经济区生态补偿的保障措施。本文除绪论外共分为四部分:　　第一部分是相关理论及主要方法的阐释。该部分对经济外部性理论、生态系统服务功能价值理论等理论的论述，为生态补偿提供理论依据;同时对生态服务价值的核算方法和生态补偿标准确定的主要方法进行了阐述。　　第二部分是对鄱阳湖生态经济区主体功能区分析及生态服务价值的核算。该部分在鄱阳湖生态经济区划分出重点开发区、优化开发区、限制开发区和禁止开发区基础上，重点对鄱阳湖生态经济区各主体功能区及其各个县市的生态服务价值进行了核算，并进行了分析比较。　　第三部分是鄱阳湖生态经济区生态补偿的分析。主要从补偿的相关主体、主体功能区之间及功能区内部补偿、生态补偿的模式及生态补偿资金运作方面进行探讨。该部分重点是在基于土地生态系统服务价值对各主体功能区之间及功能区内部补偿标准进行了详细分析。　　第四部分探讨了鄱阳湖生态经济区生态补偿保障措施。本文认为，一是提高生态补偿意识，引领生态补偿;二是完善相关法律法规，规范生态补偿;三是积极拓展多种渠道筹集生态补偿资金;四是改革财政预算，提高补偿效果;五是构建鄱阳湖生态经济区协商平台;六是完善配套政策，协动生态补偿。