元代农业灾害频繁，几乎各种灾害都发生过。农业气象灾害、生物灾害、环境灾害三大灾种差异大，各灾种内也极不平衡；它们又有共性，发生频率高，多大灾、连灾及群灾。灾害众多既有客观原因，亦有人为因素，尤其是大规模的屯田和砍伐森林造成地表植被的严重破坏，与农业灾害频繁有密切联系；此外，元代的围湖造田、赋税苛重、政治腐败、战争频繁及大量的饥、贫、流民的长期存在等，对农业灾害均有推波助澜的作用。元统治者为保持社会的稳定、维护自己的统治，较为重视灾害的赈济与防治。设立了专门的灾害赈济机构和监察机构；制定了惩治赈济不力的官员的法令及具体的制裁标准；规定了灾害申报、检踏、体覆和监察的程序及每年申报灾害的时间；赈济标准也作了明确的规定。其赈济方式及钱粮的来源，基本沿袭以前各代，但赈济力度要大于前代，因而其赈济的效果较好。元统治者灾害的防治意识较强，防治措施既有对以前各代的总结、继承，又有所创新。元代“重农”思想是一个逐步发展的过程，经历了“完全的游牧经济”到“初步认识到农耕经济的重要意义”，再到“重视农耕经济”的发展过程。其间制定许多发展农业、限制畜牧业的法令；极为重视农桑，除政府颁布《农桑辑要》外，还有大批农学家著书立说传播农业技术。元统治者在应对灾害的过程中，认为“灾害可治”，并认识到“天灾”、“人祸”之间的内在联系；但其灾害防治过程中始终存在“治”与“敬”的矛盾，出现很多禳灾活动，影响了灾害的防治效果。在灾害防治中，耕作技术、生物技术、人工技术等，都有使用，灌溉工具也得以改进与更新。灾害防治方法在当时较为先进，其许多方法在当今仍有意义。元代屯田于其政治、经济、社会等各方面的积极意义不可否定，但也严重破坏了植被，加剧了农业灾害。