烟农专业合作社的发展对于促进土地流转、实现烟叶生产规模化经营，推行烟草农业标准化、建设现代烟草农业，降低烟草农业生产成本，增加烟农收入以及吸纳烟区剩余劳动力、稳定农村社会及新农村全面建设意义重大。因此，近年来全国各地尤其是山东省发展起大量的烟农专业合作社。但是，由于组织管理机制、服务与经营机制、收益分配机制以及监督激励机制运作中存在不合理的地方，导致许多烟农专业合作社不能正常运转，影响了现代烟草农业的发展以及烟农收入水平的提高，因此，对烟农专业合作社运作机制进行系统研究的是很有必要的。本文采用文献检索与问卷调查、实地调研相结合、实证分析与规范分析相结合、宏观分析与微观分析相结合、定性分析与定量分析相结合的研究方法，对山东省烟农专业合作社运作机制进行了系统的研究。首先在阐明烟农专业合作社内涵与特殊性的基础上，明确了烟农专业合作社运作机制的内涵、构成及其相互之间的关系，以及烟农专业合作社运作机制的相关理论基础。然后对调研所得的信息资料进行分析总结出山东省烟农专业合作社发展的特点、成效及其运作机制运行中存在的问题。最后提出了完善山东省烟农专业合作社运作机制的措施。经研究，得到以下结论：（1）烟农专业合作社运作机制主要由组织管理机制、服务与经营机制、收益分配机制以及监督激励机制等构成。其中，组织管理机制是合作社整体运作机制的基石，服务与经营机制是合作社职能得以实现的载体，利益分配机制是合作社整体运作机制的核心，监督激励机制的健全是烟农专业合作社良好运行环境的保障。（2）通过山东省烟农专业合作社发展情况的分析，总结出其发展中呈现出的特点，如总体发展较快、不同类型合作社差异大，地区发展不平衡、社间潜力差异大，发起形式多样、烟草公司推动作用大等。而且，山东省烟农专业合作社发展的成效显著，如促进了烟区土地流转，实现了烟叶规模化经营；加快了烟草科技成果的转化率，提供较高质量专业化服务，推动了现代烟草农业的发展；提高了优质烟叶的产量，降低了烟叶生产成本，并吸纳了大量剩余劳动力，增加了烟区农户的收入。（3）通过对山东省烟农专业合作社运作机制的调查分析，发现各运作机制运行中存在不少问题。从组织管理机制方面看，存在着管理机构不规范、职责不明确、制度不健全，管理者综合素质低，风险管理措施不到位等问题；从服务与经营机制方面看，存在着专业化服务种类少、范围小，服务与经营中存在信任危机，专业队稳定性差，农机调配维修不善，烟草农业基础设施利用存在矛盾等问题；从收益分配机制方面看，存在着盈余分配不规范，财务管理较混乱，资金积累不足，马太效应严重等问题；从监督激励机制方面看，存在着监督、激励的力度与范围不足等问题。（4）对诸城益林农机专业合作社及平邑金蒙综合服务烟农专业合作社两个规范性较强、发展成效较显著的典型烟农专业合作社的运作机制进行案例分析，总结出其运行中的成效及不足等。（5）完善烟农专业合作社运作机制应采取的基本措施主要由以下几点：即通过规范机构、健全制度、明确责任，优化管理阶层，加强风险管理等完善组织管理机制；通过拓展专业化服务并提高其标准，稳定劳动力，合理安排农机作业，充分利用烟用基础设施等完善服务与经营机制；通过统一利益分配机制，健全财务管理制度及增强合作社“造血”功能，均衡合作社发展等完善收益分配机制；通过加大监督力度、强化激励政策完善监督激励机制。（6）完善烟农专业合作社运作机制还应采取以下配套措施,如细化法律法规、优化市场经济体系、强化科技支撑作用、加速二三产业发展等以实现烟草农业规模化生产、集约化生产。