复杂条件下斑马鱼幼鱼显微成像与注射技术研究

来源 :哈尔滨工业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:junyan04
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
随着医工交叉领域的快速发展,面向各类微小生物的显微操作,包括显微成像与显微注射技术等,在生命科学研究中得到了广泛应用。然而,在很多环境条件和对象状态较为复杂的显微操作实验中,传统显微成像与显微注射技术的性能会严重下降或无法应用。因此,对这些传统方法的不足进行改进以使其有能力处理各类复杂情况是非常必要的。作为一种典型的有脊椎模式生物,斑马鱼在生物学研究中有着广泛的应用;但另一方面,其操作方法也相对复杂。它的独特优势包括:与人的基因相似度高,胚胎和幼鱼阶段身体透明,以及发育速度快。在实验中常常需要借助幼鱼身体透明的特性对其进行成像来观察其发育的变化,从而分析对其使用的药物产生的影响。在高通量研究中,需要对大量的幼鱼进行观察和分析。此外,大多数生物制剂很难从水中直接被斑马鱼幼鱼吸收,因此要采用注射的方式。对于以上两个问题,传统上的人工观察和注射都难以满足效率和准确率的需求,因此开发自动化的成像和注射系统来取代人工方法是非常必要的。尽管近年来已有一些自动化的技术被提出,由于各类无法避免的复杂条件的影响,现有的技术和方案在稳定性和自动化方面仍存在一些不足。具体而言,上述操作中的复杂条件主要包括以下三个方面。一是对象姿态的复杂,相对于可任意旋转的细胞、胚胎等球形对象而言,斑马鱼幼鱼在操作时要考虑不同自由度的控制,还要考虑不同个体之间重叠的情况。二是未知的系统初始状态,包括成像实验中气泵内气体的初始压缩状态以及幼鱼的初始滚转角。三是环境的变化,包括注射实验中水面高度的变化以及幼鱼生命活动造成的干扰。本文围绕这三种复杂条件下自动化斑马鱼幼鱼成像和注射系统中尚未解决的问题,提出了针对性的实现方案。本文的主要内容包括:针对复杂对象姿态下的斑马鱼幼鱼的自动装载问题,本文提出了一种基于微流控技术的幼鱼朝向调整方法,能够将进入微流体芯片的幼鱼逐一调整为尾部向前以供后续操作。此外,考虑到幼鱼在装载时可能出现多条幼鱼聚集的问题,本文提出了一种自动将随机放置的多条斑马鱼幼鱼逐一装载到系统中特定位置的方案。该方案可以识别并分离聚集在一起的多条幼鱼,并能将分离出的单条幼鱼以特定的朝向吸入吸持针中,从而提高了系统中幼鱼自动装载的稳定性。针对另一种在开放式容器内旋转幼鱼的方案,本文通过对幼鱼的受力分析确定了推动其运动的期望轨迹,在视觉反馈的辅助下可以准确将幼鱼旋转到期望角度。针对未知控制系统初始状态下的斑马鱼幼鱼成像系统中幼鱼的自动位姿控制问题,本文首先对气泵控制幼鱼在管道中的运动进行了动力学建模,并针对模型中的不确定性设计了自适应鲁棒控制器将幼鱼准确地移动到期望的观察位置附近。此外,本文提出了一种自动识别幼鱼当前滚转角并将其旋转到期望姿态的方法,从而提高了成像的效率。针对变化环境下的体视显微镜下斑马鱼幼鱼自动注射的接触检测问题,提出了一套稳定的将针尖准确移动到幼鱼表皮上注射位置的方法。考虑到在使用体视显微镜采集图像时,视线存在一定的倾角,使得水面处的折射无法直接忽略,在水深变化的情况下图像坐标系与机械臂坐标系的关系也会发生变化,这给移动针尖到注射部位带来了困难。本文提出了一种自适应标定方法,能够令坐标变换矩阵随水深自动调整。此外,本文提出了一种基于曲线演化的边缘检测方法来检测幼鱼表皮与针尖接触时产生的形变。该方法被用于实现接触检测并取得了良好的成功率和效率。最后,本文对所提出的方案和算法进行了实验验证,通过与传统方法对比各项指标(成功率、效率、误差等)证明了所提出方案和算法在性能上的优势。
其他文献
霍尔推力器是一种具有高效率、高比冲、长寿命等优点的电推进装置。霍尔推力器在工作过程中,其尾部会形成等离子体羽流。由于羽流中包含了大量的带电粒子,其在空间中的扩散会影响航天器所处的电磁场环境,同时产生的高能离子会打到航天器表面,对航天器表面造成力矩、热沉积、侵蚀等影响。因此,有必要对霍尔推力器羽流进行系统的研究工作。针对霍尔推力器的羽流研究主要包括地面试验、在轨试验和数值模拟三种手段。地面试验测量受
学位
近年来,随着高通量测序技术的快速发展和国际大规模人类基因组计划的广泛实施,产生了EB至ZB量级亟待分析解读的大规模基因组数据。这些数据是新时代生命科学、人口健康、生物安全等战略性领域发展的基础,蕴含巨大的科学、社会和经济价值。序列比对和变异检测是基因组数据分析中的核心技术环节,对于基因表达量分析、选择性剪接、解析基因组中蕴含的遗传与变异信息、发现与疾病和表型的关联关系、揭示疾病发生与发展的分子机制
学位
心脏正常起搏功能的维持依赖于冠状动脉源源不断的血液供给。当冠状动脉因粥样硬化出现狭窄时,供血不足会造成心肌缺血。随着缺血时间的演化,心肌细胞的电生理功能会发生不同的变化,不同状态心肌细胞的电生理特性存在显著差异。按照心肌细胞电生理特性的不同,缺血性心脏疾病被划分为不同的病理阶段:缺血1a阶段(0-15分钟)、缺血1b阶段(15-45分钟)、短期心梗阶段(几天内)和长期心梗阶段(几周内)。本文基于电
学位
电子起搏器在应用于临床的60余年间,挽救了千万心脏起搏障碍患者的生命,但其仍存在易受到电磁干扰、不能响应情绪导致的节律变化等问题。因此有研究者提出一种生物起搏器疗法:通过基因编辑的方式改变细胞膜上离子通道蛋白的表达,从而干预离子通道电流的特性,构建出具有自动节律的生物细胞;将其植入心脏中,来驱动心脏进行跳动,以代替电极的功能。生物起搏器应用于临床前,尚需解决几个问题:(1)离子通道电流如何影响起搏
学位
心血管疾病对人类健康构成严重威胁,同时也给社会造成沉重的经济负担。我国当前的心血管疾病防治工作面临发病率持续增高和医疗资源供应不足等诸多挑战。针对这些挑战,基于可穿戴心电硬件和智能心电异常检测算法的心脏健康监测服务将为心血管疾病的筛查和管理提供有效且经济的解决方案,有望在未来的医疗健康服务体系中扮演重要角色。心电信号可用于检测丰富多样的心脏异常状态,不同异常状态有着不同的发作周期和持续时间,因而对
学位
近年来,神经机器翻译(Neural Machine Translation)取得了极大的成功,不仅仅作为机器翻译的一个全新范式而蓬勃发展,而且已经被应用于许多语言相关的技术中,例如:在线的通用多语翻译系统、同声传译系统、以及实时聊天助手等。标准的神经机器翻译框架由三个重要部件所组成:a)神经网络模型的体系结构(及其所学的内部隐层表示),b)高效的(且多利用数据增强技术的)序列到序列训练策略,c)用
学位
哈希算法作为经典的近似最近邻算法,凭借效率上的优势,在大数据时代吸引了大量研究者的目光。近期,现有的哈希算法利用深度神经网络的表达能力,通过大量的监督数据训练模型,构建了准确的哈希映射。然而对大量监督数据的强烈依赖限制了深度哈希算法的进一步落地。据此本文在标签数据不足的情况下,研究语义一致性映射的哈希编码表示。本文的研究对于哈希算法的现实应用有着重要的意义。在对相关研究进行分析后发现,现有的哈希编
学位
我国的城镇化正处于长期而高速的推进进程中。高效合理地开展城市规划工作,是保证高质量城镇化的重要手段。然而,城市规划在当下仍存在若干困难。首先,规划工作离不开对城市现状的感知和信息收集,而当前城市信息主要依赖人力线下收集,不仅耗费大量人力成本,更影响了规划进度;其次,规划方案主要依赖于调查和简单规则等传统方法完成,导致所规划设施的使用率不足,或供大于求。党的十九大明确提出,“要推动互联网、大数据、人
学位
随着数字成像设备的发展和普及,图像作为视觉信息的载体,成为人们日常生活中不可或缺的部分,承担着信息获取、分享、记忆和分析的重要作用。人脸图像在其中占有较高的比例,在日常生活中发挥着非常重要的作用。例如手机单反拍摄人物照、短视频电影中的人物、监控场景下的行人、人脸识别解锁相关的设备等。然而由于硬件设备的限制、拍摄过程的不稳定因素、成像系统的不完善、以及后续存储和传输的需求等因素,不可避免地对人脸图像
学位
人群计数是计算机视觉领域的基本任务之一。近年来,随着城市化人口的急剧增加,人群计数在构建智能化城市、实现人群密度监控、车流人流统计等方面,扮演着愈加重要的角色。人群计数的任务目标是,给定一张图片,估计其所包含的人数。对于一张人群图片,每个人头内部会有相应的一个点进行标明。当今主流方法是,对每个标注点进行高斯模糊得到密度图,构建模型学习输入图到密度图的映射关系。然而,密度图自身存在两个缺点,即存在尺
学位