目的：调研新疆18家包虫病定点医院纳入到包虫病外科补助项目的住院患者的直接与间接经济负担，分析并探讨其主要影响因素，为相关部门的卫生决策提供依据，为降低经济负担提供佐证。方法：将新疆包虫病定点医院2008年1月至2011年12月住院的包虫病病人的病案信息和费用信息录入数据库；对定性和等级指标进行数量化处理和统一编码后用SPSS16.0进行统计描述、方差分析、多元逐步回归等；利用伤残调整生命年DALY(Disability Adjusted Life Year)与人力资本法结合的方法计算间接经济负担。结果：18家包虫病定点医院共有1088人纳入到项目补助，人均直接医疗费用为14328.75元，直接非医疗费用中，人均交通费、人均伙食费、人均营养费分别为270.59元、503.81元、460.63元。采用DALY方法测算患者的间接经济负担，2008至2011年，人均损失0.17个DALY，患者的总间接经济负担达到2916625.26元。结论：新疆包虫病经济负担较重，政府广泛宣传包虫病的防治教育，加强包虫病的预防，采用多种途径降低患者的住院日，减少住院费用，加大政府的财政投入，完善医保政策，减轻患者经济负担。DALY与人力资本法结合的方法估算间接经济负担是目前较为合理的一种评估方法。