乙型肝炎治疗耐药基因突变的焦磷酸测序诊断技术研究

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目前检测乙肝病毒耐药突变的方法主要有直接测序法、线性探针分析法、限制性片段长度多态性分析及基因芯片等技术。上述方法都是基于PCR基础上的操作,且只有YMDD耐药突变的实时荧光定量PCR检测技术应用于临床进行定性检测,尚无比较全面和满意的针对多种耐药基因突变定性和定量检测变异株的方法。焦磷酸测序技术具有准确率高,灵活性大,重复性强,操作简单等优势,已经广泛应用于多个研究领域,尤在SNP分析方面有较大的技术优势。借助焦磷酸测序技术的发展,建立焦磷酸测序技术检测拉米夫定和阿德福韦酯治疗乙肝所致乙肝病毒基因耐药突变的定量检测方法,为临床乙肝耐药诊断和治疗提供依据。针对乙肝病毒DNA聚合酶基因序列上4个常见基因突变位点的6种突变形式,分别克隆构建野生型和突变型质粒作为标准品,应用生物信息学手段设计目标基因通用PCR引物和各突变点的焦磷酸测序引物,建立焦磷酸测序的突变检测方法。对接受拉米夫定、阿德福韦酯治疗的慢性乙型肝炎患者血清标本进行检测。构建了乙肝病毒四种常见耐药性突变的标准株和变异株克隆,建立了分别或同时检测拉米夫定、阿德福韦酯耐药突变的焦磷酸测序方法,对72例临床耐药或疑似耐药的患者血清标本进行检测,双脱氧测序验证,检出拉米夫定耐药突变32例,阿德福韦酯耐药突变5例,其中焦磷酸测序检出20例为混合突变,而双脱氧测序显示为6例。结合临床资料进行分析,拉米夫定治疗组耐药突变率与Lok AS的研究结果一致,数据显示拉米夫定治疗组耐药发生率较高,一年期耐药发生率为25%,两年期为46%,其中rtM204V/I(即YMDD)耐药发生最普遍, rtL180M突变率较低,且rtL180M突变均伴随着rtM204V突变。在所检测阿德福韦酯治疗组患者中耐药发生率较低,其中rtN236T没有检出。成功建立了焦磷酸测序定量检测拉米夫定、阿德福韦酯耐药基因突变的方法,构建了乙肝病毒耐药基因突变的标准质粒,为临床动态监测乙肝病毒变异病毒株、指导合理用药奠定了基础。
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