在我国社会转型期，政府职能正在转变，很多微观的经济管理权力下放到了社会；在计划经济体制走向市场经济体制进程中，民营经济迅速发展，有很多个体民营经济企业难以解决的共同利益诉求问题需要解决：中国入世后遭遇到的种种经济挑战，国际贸易争端问题需要解决，这些种种的变化都需要社会中的非政府组织来承接，而民间商会正是非政府组织中重要的一员。 本文通过对温州民间商会这个中国民间商会发展最为成熟的案例的实证研究，试图揭示政府职能转变背景下当代中国非政府组织成长的内在机理。本文通过对温州民间商会的发展历史和自主治理的组织结构、运行机制和功能分析的解读，以及对温州民间商会在发展过程中所遇到的问题分析，深入探讨我国在新形势下加强民间商会自主治理的发展对策，并对温州民间商会自主治理的理论逻辑进行了前瞻性分析，以期对全国各地的其他类型商会、行业协会的发展以一定的指导作用。