丹参和三七为临床常用药对，在国内外，二者被广泛地结合用于治疗冠心病、心绞痛等心血管疾病。研究表明，丹参和三七具有扩张冠状动脉血管、增加动脉血流量、激活超氧化歧化酶等药理功效。然而，二者治疗冠心病的分子机制目前尚不十分清楚。本课题采用计算机辅助药物设计的方法来研究丹参和三七有效成分与冠心病靶点的相互作用，以期初步探讨丹参和三七治疗冠心病的作用机制。结合相关药理实验报道，我们一共挑选31个活性成分来组建化学成分数据库，其中17个化合物来自丹参，14个化合物来自三七。同时，通过数据库搜索、同源模建以及活性位点搜寻等方法，我们建立了一个冠心病相关靶标数据库。该数据库由63个活性位点已知的蛋白质三维结构组成，其中41个靶蛋白的具有高分辨率的晶体结构从数据库RCSB中下载得到，另外22个靶蛋白的三维模型通过同源模建的方法获得。我们利用分子对接方法来研究丹参和三七化学成分与冠心病靶点的相互作用。31个化学成分分别对接到63个靶蛋白的活性口袋中。结果显示，有16个化学成分可作用于34个以上的靶点。其中，丹酚酸A、B、E、J、L、迷迭香酸、紫草酸、人参皂苷Rh1和槲皮素-3-O-槐糖苷9个化合物可以作用于至少45个靶点，它们可能是丹参和三七在治疗冠心病中发挥作用的主要成分。同样，冠心病相关靶点也展示出较好的网络性。有36个靶标的平均化合物数目在15个以上，它们可能是丹参和三七在治疗冠心病方面主要针对的靶点。计算结果表明，丹参和三七通过不同的化学成分协同作用于冠心病相关的多个靶点，二者相互促进，相互补充。它们可能通过调节脂质代谢、保护血管内皮细胞、抑制血栓形成、调节血压多个方面来实现治疗冠心病的目的。另外，计算结果预测有17个化合物对相关靶点的潜在作用属于高活性水平，我们分析了这些化合物与其靶点间的相互作用，为将来先导化合物的发现与优化提供了一定的基础。本课题有关丹参和三七化学成分与冠心病靶点相互作用研究的方法以及结论，可以为将来从分子水平探讨丹参和三七治疗冠心病的作用机制以及发现新的先导化合物提供一定的计算依据。