本研究是关于宝天曼国家级自然保护区蝴蝶的形态分类、蝴蝶群落多样性监测、部分蝴蝶线粒体基因组结构和蝴蝶间的系统发育关系的研究。在宝天曼自然保护区对宝天曼漂流、葛条爬、七星潭3条样线用标准样线法进行蝴蝶种类调查、群落多样性及区系调查。对采集后的蝴蝶依据外部形态进行种类鉴定与整理。对部分蝴蝶总DNA进行线粒体基因组高通量测序,分析玉带凤蝶Papilio polytes、二尾蛱蝶Polyura narcaea、红灰蝶Lycaena phlaeas、宽边黄粉蝶Eurema hecabe和连纹黛眼蝶Lethe syrcis的线粒体基因组结构,并用最大似然法和贝叶斯法构建系统发育树,分析蝶类间系统关系,得出以下结论:（1）宝天曼自然保护区蝴蝶调查共记录661头,共有种类63种,隶属5科43属。9月份蝶数最多,6月份种类最多。蛱蝶科Nymphalidae是宝天曼自然保护区的优势类群,共发现25属39种,多样性和物种丰富度都比较高;弄蝶科Hesperiidae调查发现3属3种,为稀有类群。宝天曼自然保护区葛条爬样线的种级、属级和科级多样性最高,依次是2.9738、2.8037、1.3817,均匀度指数和物种丰富度指数也最高;七星潭的优势度指数最高,为0.2674。宝天曼自然保护区东洋种、古北种和广布种占比分别为9.52%、23.81%、66.67%,广布种占绝对优势,古北种高于东洋种。（2）线粒体基因组序列全长在15 kb左右,包括13个蛋白质编码基因、22个t RNAs基因、2个r RNAs基因和一段控制区。全序列的A+T的平均含量表现明显的A+T偏斜,存在基因重叠和基因间隔。37个基因中除cox1基因的起始密码子不稳定,其余蛋白质编码基因均以ATN起始,cox2基因以不完整终止密码子T结尾,核苷酸组成表现明显的AT偏斜,UUA的相对密码子使用频率最高。22个t RNAs的二级结构除trn S1基因,其他均为典型的三叶草结构,二级结构中有U-U或U-G碱基错配现象。控制区有最高的A+T平均含量。（3）在科级分类阶元上,灰蝶科Lycaenidae和蛱蝶科Nymphalidae亲缘关系较近,两者聚成的一簇和粉蝶科Pieridae亲缘关系较近,其次是弄蝶科Hesperiidae,最后是凤蝶科Papilionidae,凤蝶科在系统发育树内群的最根部,相对较原始。（4）在属级分类阶元,麝凤蝶属Byasa和裳凤蝶属Troides亲缘关系较近,两者组成的类群和凤蝶属Papilio亲缘关系较近,青凤蝶属Graphium和绢蝶属Parnassius均单独成一支。赭弄蝶属Ochlodes和稻弄蝶属Parnara亲缘关系较近,两者汇成一簇后和白弄蝶属Abraximorpha亲缘关系较近。粉蝶属Pieris和云粉蝶属Pontia互为姐妹群,亲缘关系较近,豆粉蝶属Colias和黄粉蝶属Eurema亲缘关系较近,绢粉蝶属Aporia单独成一支。蓝灰蝶属Everes和灰蝶属Lycaena互为姐妹群,亲缘关系较近,银灰蝶属Curetis和褐蚬蝶属Abisara均单独成一支。环蛱蝶属Neptis和婀蛱蝶属Abrota互为姐妹群关系,豹蛱蝶属Argynnis和青豹蛱蝶属Damora互为姐妹群关系,迷蛱蝶属Mimathyma和帅蛱蝶属Sephisa互为姐妹群关系,脉蛱蝶属Hestina和紫蛱蝶属Sasakia互为姐妹群关系,琉璃蛱蝶属Kaniska和钩蛱蝶属Polygonia互为姐妹群关系,眉眼蝶属Mycalesis和宁眼蝶属Ninguta互为姐妹群关系,蛇眼蝶属Minois和白眼蝶属Melanargia互为姐妹群关系,线蛱蝶属Limenitis、云豹蛱蝶属Nephargynnis、福蛱蝶属Fabriciana、斐豹蛱蝶属Arggreus、闪蛱蝶属Apatura、猫蛱蝶属Timelaea、红蛱蝶属Vanessa、眼蛱蝶属Junonia、黛眼蝶属Lethe、珍眼蝶属Coenonympha、矍眼蝶属Ypthima、尾蛱蝶属Polyura均单独成一支。