由于基因本身所特有的生命属性,人们对基因专利的争议从未停止过。从基因被各国先后给予专利保护开始,各类基因专利的数量在短时间内急速增加,在促进基因技术创新的同时也引发了各主体之间的利益失衡、相关产业垄断风险增加以及对道德、伦理等方面的挑战等诸多问题。因此,为了维护权利秩序,平衡基因权利人与其他主体之间的利益关系,促进基因技术的有序竞争,同时缓解因基因专利引发的公共健康、农业安全、道德风险等问题,对基因专利进行限制已经成为一种明显的国际化趋势,各国纷纷将其作为国家专利战略的组成部分。从理论上分析,基因专利限制是对权利限制的客观要求,也是兼顾多元价值目标的需要,具有法哲学、经济学和社会学等方面的理论基础。对基因专利的限制可分为取得限制和行使限制两大类。取得限制是指对基因专利申请人是否能够取得专利权的限制,主要涉及基因专利主题、实质性审查条件、保护范围等方面的限制;行使限制是指已获得基因专利的权利人在权利行使过程中所受到的限制,包括基因专利侵权例外限制、基因专利强制许可限制以及基因专利的保护竞争限制。我国关于基因专利限制的立法中虽然对基因专利的主题限制、实质性条件限制、侵权例外、强制许可、遗传来源信息披露、垄断规制问题做出了一些规定,但仍存在着很多不足之处,主要表现为:基因专利主题范围限制偏严;对基因专利实用性审查条件过于宽松;基因专利权利要求范围模糊;遗传资源来源披露与惠益分享不到位;基因专利保护期限过长;对基因专利行使中危害竞争行为的法律规制制度不完善等。对此可采取以下建议进行立法方面的完善:(1)在基因专利主题限制中拓宽“一般排除、例外授权”原则的适用;(2)在基因专利实质性审查中确立实用性优先原则;(3)在基因专利权利要求范围方面强调对基础研究范围的限制;(4)确立合理的基因专利遗传资源来源披露与惠益分享机制;(5)针对维护生命健康之基因专利规定特殊的限制性保护期限;(6)进一步完善规制基因专利垄断与不正当竞争行为的规则体系。