近年来,随着中药贸易全球化的发展,中药中真菌及真菌毒素污染越来越受到关注。其不仅影响中药临床有效性,而且会给人体造成多种毒害作用,已成为影响药材质量和安全的重要因素之一。因此,全面高效监测真菌污染情况尤为重要。随着测序技术的快速发展,高通量测序为复杂环境中真菌多样性的研究提供了新的思路,同时也成为监测中药生产中真菌污染的有力工具。本研究基于高通量测序技术分析六种常用中药材（枸杞子、人参、柏子仁、山楂、麦芽和稻芽）真菌污染情况,并比较了不同品种、收集地、炮制方法、贮藏环境及贮藏时间的中药材真菌多样性差异。主要研究内容及结论如下:（1）枸杞子药材表面真菌群落分析。基于Illum inaMiSeq测序平台对15批不同药材市场枸杞子药材样品真菌污染情况进行研究,鉴定到真菌共计3门、1 1纲、29目、54科、82属。其中门水平优势菌为子囊菌门Ascomycota;优势菌纲为座囊菌纲Dothideomycetes;属水平优势菌为链格孢属Alternaria、枝孢霉属Cladosporium及镰刀菌属Fusarium;种水平共鉴定到24种真菌,包括2种潜在产毒真菌（草酸青霉Penicillium oxalicum和粉红单端孢霉Trichothecium roseum）。不同药材市场样品间真菌群落组成及多样性存在差异。（2）人参不同炮制品表面真菌群落分析。收集人参不同炮制品样品共15批用于比较不同炮制品间真菌群落差异。差异分析结果显示不同炮制品组间真菌群落存在显著性差异。本研究鉴定到真菌共计5门、20纲、46目、104科、164属。优势菌属为曲霉属Aspergillus、根霉属Rhizopus和青霉属Penicillium。其中43个可操作分类单元（Operational taxonomic unit,OTU）可准确鉴定到种水平,包含4种潜在产毒真菌（短密青霉 Penicillium brevicompactum、桔青霉 Penicilliumcitrinum、草酸青霉Penicillium oxalicum和热带念珠菌Candida tropicalis）。（3）柏子仁药材表面真菌及黄曲霉毒素污染情况分析。基于免疫亲和柱净化-高效液相色谱分离-荧光检测器（IAC-HPLC-FLD）方法分析1 1批柏子仁样品中黄曲霉毒素污染水平。采用液相色谱-质谱联用技术（LC-MS/MS）对阳性样品进行确证。依据是否有黄曲霉毒素残留,将1 1批样品分为两组,即黄曲霉毒素阳性和黄曲霉毒素阴性组,基于Illumina MiSeq PE 250测序平台分析组间真菌群落差异。结果显示11批样品中,5批样品存在黄曲霉毒素污染;其中1批样品黄曲霉毒素残留量超过中国药典（2020版）限量标准。高通量测序结果显示鉴定到真菌共计3门、6纲、12目、20科、62属、74种真菌,包含4种潜在产毒真菌。此外,研究发现两组间真菌组成及相对丰度存在差异。（4）山楂加工及贮藏环节药材表面真菌群落分析。收集山楂干燥样品15批用于分析不同收集地间样品真菌群落差异;与此同时,收集炒山楂及焦山楂样品各3批用于分析不同炮制方法对真菌群落的影响。此外,探究贮藏时间（0、8周、16周及24周）和贮藏温度（室温和4℃）对山楂药材真菌群落的影响。高通量测序结果显示鉴定到真菌共汁9门、34纲、83 目、188科、349 属、115种真菌,包含7种潜在产毒真菌;不同收集地样品间真菌群落组成及多样性存在差异;随着炒制程度的加深,真菌菌群丰富度与多样性呈现下降的趋势;随着贮藏时间的变化,优势属逐渐由Nothophma变为Paraconiothyrium和链格孢属Alternaria。与此同时,本研究发现贮藏温度对优势菌群的相对丰度影响较大。（5）麦芽和稻芽加工环节药材表面真菌群落分析。收集大麦与稻成熟果实用于监测麦芽与稻芽发芽过程中真菌群落的变化情况。此外,分析了发芽完成后干燥对麦芽和稻芽真菌群落的影响。鉴定到真菌共计3 门、15纲、34 目、73科、112属、26种真菌,包含10种潜在产毒真菌;麦芽样品中曲霉属Aspergillus和根霉属Rhizopus为优势菌;稻芽样品中优势菌为根霉属Rhizopus和镰刀菌属Fusarium。在发芽过程中,随着发芽时间的延长,麦芽及稻芽药材优势菌群相对丰度呈现不同的变化趋势;干燥会对两种药材真菌群落组成产生影响。综上,本研究基于高通量测序技术对枸杞子等六种中药材的表面真菌进行了鉴定研究,分析了真菌多样性,并探究了生产加工等不同环节对真菌群落的影响。结果表明,不同药材中真菌群落存在差异,药材中真菌多样性受多方面因素影响。本研究证实了高通量测序技术鉴定污染真菌的有效性,为分析中药真菌污染提供了一种高效方法,可为中药中真菌毒素污染提供早期风险预警。