目前,我国的流域排污权交易还处于摸索阶段。1987年，上海市闵行区环保局首开中国排污权交易的先河，建立黄浦江流域COD排污权交易体系,并取得了显著的治污效果。接下来的十多年开展了大量的排污权交易试点，包括：1993年国家环保局在包头市、柳州市、太原市、平顶山市、贵阳市和开远市试行SO2和烟尘的排污权交易政策；1999年4月国家环保总局与美国环保局签署了关于“在中国运用市场机制减少二氧化硫排放的可行性研究”的合作协议,确定了江苏省南通市与辽宁省本溪市为该项目的试点城市；2001年9月开始,由美国未来资源研究所和中国环境科学院共同承担的亚洲银行贷款项目的赠款项目“二氧化硫排污交易机制”在太原市试行；江苏省2002年推出了《江苏省二氧化硫排污权交易管理暂行办法》,在江苏省全面推行SO2排污权交易；2002年,国家环保总局在全国7省市(包括山东、山西、上海、江苏、河南、天津、柳州)开展了排污权交易的综合实验；等等。这些大多针对的是二氧化硫造成的大气污染的控制，直到2002年初江苏省南通市的水污染物排污权交易体系开始运转，但是情况不尽人意，五年内总共才6起交易。到2009年，江苏省环保厅颁布《江苏省太湖流域主要水污染物排污权有偿使用和交易试点排放指标申购核定暂行办法》，确定了太湖流域工业企业主要水污染物排放指标申购核定等方面的内容。让研究者感到振奋的是，国内第一个排污权交易中心于2007年11月在浙江嘉兴挂牌成立，此举意味着国家环保总局等部门已探索多年的排污权交易开始向制度化、规模化迈进。但是，流域排污权制度仍然有许多理论和实践上的难题亟待解决。排污交易政策曾经是学界的研究热点，在排污交易试点和相关项目进行得热火朝天的同时，相关的学术文章和评论也接踵而至。在诸多叙述和评论中，学者不厌其烦的介绍排污交易的理论基础、给予赞许和支持的居多，而少有学者提出质疑和反对意见。具体到流域排污权交易这一领域，其一，是并未引起足够的注意；其二，与介绍排污交易这一制度的理论先进性，相比，我们更需要对水质管理的特点作详细的探讨。那么，排污交易政策推行过程中遇到的难题、需要提供什么样的制度环境等等都是迫切需要加以研究的问题，我们需要找到解决这些问题的办法，并在研究、论证的时候必须顾及水质管理本身的特点。只有经过细致的论证，解决好以上的问题，才能推进流域排污权交易制度在理论上的成熟，如此才能对实践有所助益。笔者拟从排污交易的基础条件、排污交易的保障条件、排污交易政策目前遭遇的困境等三个方面逐一分析，并结合水质管理的特点，来为克服流域排污交易制度推行过程中遇到的难题寻找答案。