科研事业单位预算是本单位依据单位未来发展的计划和未来完成的任务来编制的,是单位顺利完成科研生产工作任务,实现事业发展计划的有力保证,也是单位控制、运用、分配、筹集资金的依据来源,但由于科研事业单位较为缺乏科学有效的监督管理机制和绩效考评机制,管理观念、制度、方法和工具相对落后,致使科研事业单位的预算管理往往流于形式,“两张皮”现象较为严重。因此,在目前事业转企业的大环境下,如何适应复杂的经济环境,如何搞好科研事业单位的全面预算管理工作,更好地指导科研事业单位的科研生产,降本增效,创造价值尤为关切。在现代企业管理实践中,全面预算管理作为一种有效的管理工具,在企业经营管理过程中发挥着极其重要的作用。全面预算管理通过对企业的信息流、资金流、业务流以及人力资源流的整合,实现优化资源配置、贯彻战略目标、内部风险控制、改善经营状况和增加企业价值的目标。但国内外实施全面预算管理的企业中仅有一部分真正意义上收获了最初的目标,大部分依然流于形式,并没有真正落于实践或收获实质效果。在经济全球化的新经济环境下,战略的地位空前重要,基于战略导向的科研事业单位全面预算管理能够有效将战略规划的程序、战略管理的贯彻和全面预算程序有效的组成一个整体,实现战略与预算的有效对接。本文运用文献研究法、规范研究法和案例分析法展开论述,首先对战略导向的全面预算管理进行理论层面的分析,然后进一步探讨科研事业单位应如何以战略导向为依据构建全面预算管理体系,接着引入某军工集团下属BAM研究所的预算管理作为案例,分析存在问题,并试应用战略导向的全面预算管理体系进行修正和完善,构建全面预算管理的循环体系、内容和方法体系、组织体系、调控体系和业绩考评体系,实现企业战略与预算更有效衔接,为我国科研事业单位实施全面预算管理提供一种思路。