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芳香烃化合物是一类重要的有机物,在自然环境中分布广泛,对人类健康和生态环境具有很大危害性。由于芳香烃独特物理化学结构,采用微生物-生物技术途径治理、清除或降解转化芳香烃类化合物污染是一种有效的方法。许多细菌采用双加氧酶途径降解芳香化合物,双加氧酶能催化氧分子加入芳环中使之开环,在单环和多环芳香类化合物的降解途径中起重要作用。基于晶体结构对GDO家族催化机理的研究很可能帮助寻找新的策略用于芳香类化合物引起的环境污染。
本文报道了来源于海洋菌Silicibacter pomeroyi DSS-3的龙胆酸双加氧酶(Gentisate 1,2-dioxygenase from Silicibacter pomeroyi,GDOsp)分辨率2.8A的晶体结构,该双加氧酶拥有bicupin家族保守的三维结构,形成同源四聚体,但是,不同于其他的bicupin家族双加氧酶只有一个金属结合中心,GDOsp亚基在N端和C端各有一个cupin结构域的金属活性中心,从电子密度上可以明显看到金属密度以及周围与之配位的三个组氨酸。在结构基础上,通过一系列突变体的酶活实验发现,这两个金属中心对于GDOsp酶活性都是不可缺少的。这些突变体的酶活测定揭示了影响GDOsp活性的一些关键氨基酸,表明GDOsp的催化活性由N端完成,但是C端结构域亚铁中心的微小变化以及两个结构域之间二硫键破坏会对N端的催化活性发生重大影响。据此,结合文献报道我们推测了GDOsp的酸碱催化机制,期望能为进一步研究蛋白质长程相互作用以及双加氧酶降解机理提供一个有用的模型。