自组织理论是20世纪60年代末期建立并发展起来的一种系统理论。它的研究对象主要是复杂自组织系统（生命系统、社会系统）的形成和发展机制问题，即在一定条件下，系统是如何自发地由无序走向有序，由低级有序走向高级有序的。它主要有三个部分组成：耗散结构理论（Dissipative Structure）、协同学（Synergetic Theory）、突变论（Catastrophe Theory），自组织理论对现代教育研究有着重要的理论意义。本文借助自组织理论对我国高校优势学科建设系统进行了分层的阐述，研究阐明了高校优势学科建设系统的自组织机理，并对影响我国高校优势学科建设的内外部因素进行了分析，在借鉴国外一流大学学科建设模式经验前提下，提出了构建优势学科群策略，并结合协同学理论完善了建设优势学科群的构想，阐述了构建优势学科群的原则，不仅有利于提升高校学术研究与学科建设的水平，打造与培育优势学科与学科群，而且有利于优化高校学科系统，发挥其整体功能，对建设好“优势学科创新平台项目”与提升我国高等教育质量均具有重要的现实意义和理论意义。