由于行政权力的特性及其行使,不可避免地会获取涉及企业商业秘密的信息,但行政机关并非当然地成为该商业秘密的权利主体,商业秘密豁免制度应运而生。政府信息公开与商业秘密豁免并非彼此独立,两者虽有对立,但更为重要的是统一关系,政府信息公开起主导作用,商业秘密豁免公开则起制约和平衡作用。商业秘密豁免制度体现了政府信息公开制度对利益平衡的价值追求,在保护商业秘密权利人的财产权、平衡公共利益与商业利益的冲突、保障行政机关依法合理行政起到了重要作用。我国政府信息公开商业秘密豁免的规范体系主要包括行政法规、相关司法解释和地方立法三个维度,基于对规范体系的分析,则能发现政府信息公开商业秘密豁免在程序规定、监督制度和救济制度三个方面的缺陷,如主动公开未规定征求权利人意见、外部监督制度的缺乏。要明确第三方提出意见的形式要求,并要求书面意见应由法定代表人签字并加盖公章,建议主动公开同样适用第三人协商制度并提出适用第三人协商制度的例外情形,以完善商业秘密豁免的程序规范。要改变现阶段商业秘密豁免制度不理想的现状,还是要借鉴域外经验,建立相应的外部监督制度,同时还要确立严格审查的司法监督制度,以限制行政机关自由裁量权,加强司法对行政机关政府信息公开行政行为的监督。完善商业秘密豁免的国家赔偿制度,补充商业秘密的赔偿标准规则,确立复议前置的行政复议和行政诉讼衔接制度,确保商业秘密权利人能够及时、有效地寻求法律救济。