邵晋涵的史学思想源自浙东学术,具有“约取”“成家”的特点,其从事史学研究的根本宗旨在于以史家之言探索儒家义理之真,存续孔子《春秋》大义之教,推原大道以明孔圣笔削真义。邵晋涵力主史官相传之成法,将义理的价值内涵注入史家“纪实”原则之中,意在求义理之真,故特重史家之“义”。因之,邵氏对“史裁”一目极为重视,并辅以探求学术因革流变、损益得失的“寻绎”之法以图用史学求儒门义理之真。因为身处清代考证学洪流之中心,邵晋涵从家学“诵经考史”之教中习得的考证本领被时人所推重,名列汉学师承之谱系,实因其义理之学在浓厚考证学风下的隐微不发。浙东家学之教对邵晋涵的史学思想影响深远。祖父邵向荣的“学规四条”和课业亲授使邵晋涵浸润义理之学,奠定其思想基础。邵氏家学强调的“敦伦”一条影响了邵晋涵对史学功能和价值的认知和追求。邵晋涵的学术交游则使其浸润考证学风,增广见闻,声名飚扬,但并未改其以义理为第一义的学术倾向,这种倾向在邵晋涵入四库馆完成历代正史提要的工作后愈发明显。纵观邵晋涵的学术生命,受教家学使其立定治学之志、明得经史之方,与考证学者的学术交游或为其提供学术新见,或开入四库馆之机运,或勉励其著述之业,但无改其治史“端本义理,探求德性”的义理精神本色。邵晋涵的史学思想具有内在的逻辑关联,他将“史以纪实”的史学原则赋予道德义理的价值内涵,目的在于揭露是非善恶、不德不义,推原孔子的笔削之大义。因此,在邵晋涵的史学思想中,史以纪实非是现代史学概念下所求的客观外在之实,而是代表史家价值认知的义理之实。邵晋涵与全祖望交亲盖因思想之契合,全氏重视“史以纪实”的原因在于春秋之旨能使乱臣贼子无以弃时窃据。为匡正与留存义理之真,史家必须慎重“史裁”方能呈现“史家之义”。邵晋涵慎重史裁的思想与万斯同相通,皆为彰显奸贤事迹,防止曲言凿空。为保证裁别之质量,史义之真切,邵晋涵将经学研究的“寻绎”之法运用到史学,探求史书、史学思想源流变化以揭示史家著述宗旨。纪实、史裁、寻绎思想的运用皆是围绕具有义理内涵的史义展开,邵晋涵运用史义思想,辅以纪实、裁别、寻绎的原则和方法将史料取舍、史学建构、史学批评的史学要素贯穿起来,建立基本的史学研究框架。这个过程所呈现的“一贯”“综合”的特征,这正是浙东学术的特色。在邵晋涵史学思想体系中,“一贯”“综合”所指恰是浙东学术相传之义理而非考证,他关心的仍是世道人心和人伦日用的道德实践,推重的是孔子笔削所传之大义。在儒家思想动态由“尊德性”转向“道问学”的思想背景下,尊德性仍旧是邵晋涵史学思想的核心,邵氏虽以考证扬名,但其考证工作的全部意义在于义理的阐发。