白菜高密度遗传图谱的构建和重要农艺性状的QTL定位

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白菜类蔬菜是我国栽培面积最大的蔬菜之一,也是研究基因组多倍化和形态演化的模式植物。在国际白菜基因组测序数据公布前,已有数十张白菜遗传图谱公布,但多基于PCR标记,标记数量少而且操作繁琐。因此,本研究力图通过基于简化基因组的RAD-seq技术,通过下一代高通量测序获得大量SNP标记,构建了迄今为止白菜第一张完全由测序标记所组成的精度最高的遗传图谱。并利用该图谱对白菜重要农艺性状进行了QTL检测。其主要结果如下:  (1)以高代自交系‘黄小杂’(父本)和‘Bqq094-11’(母本)以及其杂交后得到的120个F2群体为材料,构建了一张由711个连锁区域(bin)组成的白菜遗传图谱,711个连锁区域包含3985个SNP标记,10个连锁群物理距离总长255.09Mb,连锁区域间平均物理距离是358.77 Kb,遗传距离总长为1223.44cM,连锁区域间平均距离为1.72 cM。其中遗传距离间距小于1 cM的连锁区域共有490个,占连锁区域总数的70%。  (2)用WinQTL软件进行CIM分析,检测到18个农艺性状共72个QTL位点,分布于除A04以外的所有染色体上,遗传贡献率在2.42%~80.38%之间。其中株高共检测到2个QTL、株幅1共检测到9个QTL、株幅2共检测到6个QTL、叶片长共检测到4个QTL、叶片宽共定位到3个QTL、叶柄长共有1个QTL、叶柄长共定位到4个QTL、叶翅共检测到5个QTL、叶片皱缩共检测到3个QTL、芯叶颜色共检测到8个QTL、外叶颜色共检测到7个QTL、外叶颜色L*芡检测到4个QTL、外叶颜色a*只检测到1个QTL、外叶颜色b*检测到3个QTL、内外叶色差共检测到3个QTL、叶柄颜色共检测到2个QTL、结球共检测到4个QTL、薹长共检测到3个QTL。  (3)使用软件QTLNetwork version2.1进行MCIM分析,共检测到9个农艺性状共15个QTL位点,同时还检测到控制控制芯叶颜色和株幅2的两对上位性QTL。其中与株幅1相关的QTL共检测到1个、与叶柄长相关的QTL共检测到1个、有叶柄长相关的QTL共检测到2个、叶翅相关QTL共检测到3个、芯叶颜色相关QTL共检测到2个、外叶颜色相关的QTL检测到1个、外叶颜色b*共检测到2个QTL位点、内外叶色差共检测到2个QTL位点、薹长共检测到1个QTL位点。
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