近年来，跨域水环境污染治理已经逐渐成为环境治理的重要议题，农村跨域水污染问题作为其中重要一环受到越来越多的关注。其中，合作治理为农村跨域水污染治理中的多元主体参与问题的解决提供了一种新的研究思路。因此，本文采取个案研究法，以Y河作为研究对象，通过实地问卷调查与深入访谈等方式分析Y河治理的困境及形成机理，并在此基础上为Y河的跨域合作治理提供相关建议。
　　论文的写作流程是按照提出问题——分析问题——解决问题的逻辑思路展开的，主要分为六个部分。
　　第一部分是绪论，主要针对研究背景、研究意义、研究方法等问题进行阐释，并对现有文献进行梳理，整理近年来国内外合作治理相关理论、合作治理与环境治理之间的逻辑联系以及合作治理如何参与农村跨域水污染这一特殊治理问题的相关文献，为论文进一步研究打好理论基础;第二部分是相关概念界定及理论基础，为本项研究的分析展开奠定理论分析框架;第三部分是研究模型及实证设计，在承接上文理论分析的基础上，确定本项研究的基本模型，并进一步展开实证设计，主要包括模型的确定及研究假设的提出，并在此基础上展开问卷及访谈的调查设计与实施;在第四部分则是实证分析，首先进行简单的案例及调查情况描述，并进一步对问卷调研结果展开统计性描述分析，主要包括Y河污染的现实情况、Y河污染的治理现状、Y河跨域合作的初始条件描述以及Y河跨域治理的合作机制概况，从中发现当前Y河跨域治理面临的现实困局，包括了既得利益群体内部的难题如动力不足、能力有限、角色缺位以及责任承担不足等，Y河污染的利益受损群体则面临着渠道不畅、权限不足等现实困局，而两大群体也在诸多因素驱动下面临利益协调艰难以及权责纠纷突显等状况;第五部分详细分析Y河污染合作治理困境的形成机理，主要从初始条件及合作机制两大部分展开分析，在政策环境缺乏、资源不对称依赖以及合作历史欠缺等初始条件缺乏和组织机制、信任机制及利益机制等合作机制不足的共同作用下，Y河跨域污染的合作治理困难重重;第六部分为Y河跨域合作治理的路径重构，主要通过合作组织机制、监督约束机制、三方协商机制以及信息共享机制的构建来形成多元合作主体间的合作动力、合作规范、合作共识及合作信任，进而为促进Y河跨域污染难题提供有益参考;第七部分为结论及相关展望，在对本项研究工作进行简单小结的基础上，对Y河跨域污染治理的未来工作进行展望，并进一步希望Y河的合作治理之道能为农村解决跨域水污染治理提供一定的有用借鉴。
　　相较于目前已有的研究而言，本项研究可能具有的创新之处主要体现在二个方面:
　　第一，研究选题的创新。目前国内有关跨域合作治理的研究主要集中在城市范围，针对小河跨域污染治理问题的关注不够。因此，本项研究从微观层面出发，对偏远农村地区跨域水污染合作治理的微观机理进行研究，探讨合作机制对主体间合作关系构建的重要影响，尝试为农村水污染跨域合作治理提供解决之道。
　　第二，研究视角的创新。在社会整体治理改革的攻坚期，更多的是针对体制内的积弊，政府从自身出发改善自我，尤其是在农村范围内，忽略了民众等多元主体在政府治理中的作用。本文从合作治理理论视角研究农村跨域水污染的治理转型，注重村域之间、乡镇政府等主体之间的联结与合作，将跨域水污染治理下放到更加微观的治理单元，寻找农村跨域合作治理的优化路径。