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双翅目Diptera环裂亚目Cyclorrhapha的昆虫统称为蝇类,该类昆虫具有重要的经济意义和科研价值。由于蝇类体型普遍较小,存在大量相似种,缺乏有效的形态学特征,因此使得一些学者在分析其亲缘关系时一筹莫展。基于形态学困境和分子系统学的发展,本研究基于新一代转录组测序技术,通过比较转录组学方法确定种间直系同源基因,最终筛选出一批适合蝇类科级以上高级阶元系统发育研究的单拷贝直系同源核DNA序列标记,并设计引物,进行PCR扩增效率验证。获得的单拷贝直系同源核DNA序列标记将尝试解决本实验组一直研究的蚤蝇科及其相近类群的系统发育关系问题。基于新一代测序技术,通过Illumina Hiseq?2500/MiSeq?平台双向测序得到蛆症异蚤蝇转录组原始数据Raw reads 40803092个;经过序列处理得到高质量数据Clean reads 35638938个;经过转录本拼装得到转录本36453个;选取后续分析序列广泛通用的基因数据库Unigene转录本26079个,平均长度为949.1bp,长度在500bp-2000bp的有9060个。基于蛆症异蚤蝇转录组数据,结合NCBI下载的9种近缘类群转录组数据,共4科5属10种,从中随机筛选500bp以上直系同源核基因100段。通过外显子比对切齐,获得同源性较高、长度多在300bp以上的单拷贝直系同源核DNA共26段,无碱基偏好性。饱和性分析并构建NJ、MP、ML树,最终得到15段适用于蝇类科级高级阶元系统发育研究的单拷贝直系同源核DNA序列标记。对100段同源区域中筛选的44段直系同源核基因(包括适用于蝇类系统发育研究的15段)进行引物设计,PCR扩增效率验证。选取19种蝇类(无缝组蝇14种,有缝组蝇中无瓣蝇1种、有瓣蝇4种)昆虫为模板验证PCR扩增效率。44对引物中5对PCR扩增效率较高,达到71.4%以上,2对扩增效率为100%。由此获得的研究结果丰富了蝇类基因数据库,筛选出适合蝇类科级以上高级阶元的单拷贝直系同源核DNA序列在昆虫系统与进化研究领域具有重要的科学意义。