19世纪后期，旧金山华埠并没有孤立于美国主流社会。一方面，旧金山城市化进程的加快为华埠的扩展提供了可能，而市政管理的缺失又促使华人社会走向自治。另一方面，华人人口的增长推动了旧金山的城市化，而华埠经济的发展在很大程度上又增加了旧金山的市政收入。华人与白人在一定程度上相互影响，共同推动了旧金山城市的发展。
　　然而，由于迅速城市化导致各种社会问题层出不穷，华人等新移民成为本土主义者谴责的对象。在他们的眼中，华埠内不但住房拥挤、疾病频发，而且贪污腐败、暴力活动、奴役妇女等现象泛滥。同时，旧金山华人依然保持着家乡的生活习惯与文化风俗，使美国文化及制度在同化华人时受挫，激起了本土白人的排华情绪。此外，白人劳工则由于华工的竞争成为排华的急先锋。为了达到排斥华人的目的，旧金山本土主义者以城市改革为借口与华人进行了长达30多年的迁埠之争。最初旧金山市政府企图通过“立方空气法”迫使华人自行搬迁，但华人通过司法、外交等方式不断抗争。后来旧金山卫生局又以“鼠疫事件”为由隔离、检查华埠，不断制造搬迁华埠的舆论，华人精英则联合旧金山总领事、驻美公使抗议卫生局的不公正待遇。在1905年旧金山的新城规划中和1906年大地震后华埠面临着随时被搬迁的可能，而此时旧金山华埠受到了整个华人世界和部分白人的关注与援助，最终华埠得以在原址重建。华埠之所以能够重建不仅是华人努力斗争的结果，也再次说明了华埠对于旧金山发展的重要性。
　　重建后的华埠与之前相比发生了巨变，卫生环境明显改善，鸦片馆、妓院和赌馆等也有所减少，成为旧金山独具特色的旅游景点。华人心态也发生了转变，不仅越来越关心祖国的命运，也逐渐参与到美国政治当中。总之，19世纪后期至20世纪初旧金山华埠的变迁是海外华人自身、美国社会及中国三方因素共同作用的结果，华人与白人在冲突与融合的过程中对彼此的认知也在不断地加深。