我国大学规模的扩张以及现代知识分化与综合的悖论式发展模式,使得以探求“高深知识”为目的的大学组织必然性地发生变革。大学的院系,是大学管理层级中的核心部分,是大学实现自己三大职能的组织保障。研究型大学的院系设置改革,既是世界高等教育理论研究的一个薄弱环节,又是我国研究型大学建设,甚至是世界高水平大学和世界一流大学建设的一个关键因素。新形势下,我国研究型大学的院系设置当前要面对并解决两个主要问题：第一是如何有效解决规模扩张与管理效率之间的矛盾；第二是院系设置如何包容与促进学科分化与综合的两种发展趋势。要解决这些矛盾与问题就需要我们对一些现实问题作出思考与回应：为什么会出现大学院系设置的乱象?大学院系设置的基本逻辑是什么?大学院系设置到底要遵循什么原则?大学院系在学校中到底处于什么地位?大学院系内部的权力结构应该如何?我国大学院系设置变革历经开端、停顿与活跃等三个时期,由于我国现代大学制度建设的不健全、院系设置改革的价值取向不一以及物质条件的制约与现实阻力的困扰,造成我国大学院系设置存在院系设置的依据不清,院系设置随意性大；学校管理缺位,院系权责不清；运行机制的失控化等现象,这些现象可能会削弱了优势学科的实力、造成资源浪费与效率下降以及管理运行机制的失灵。我国研究型大学的知识本质和科层制结构的现实,决定了我国研究型大学的院系设置应该遵循知识分化与融合的学科逻辑以及知识管理与科层管理的内在逻辑。也正是基于知识与管理的双重逻辑使得大学的院系设置改革需要借用管理跨度理论、知识管理理论以及知识创新群理论。研究型大学院系设置要在遵循教书育人的价值取向以及学科发展的行为取向的基础上,按照管理幅度的可及性原则、学科发展与大学目标一致性原则以及权变性与特色性相结合的原则进行改革。研究型大学院系设置首先要满足三个前提性因素：即学校规模要素、门类齐全的学科要素以及学术水平要素。在学科逻辑的背景下,以大学科群或者大学科门类为基石构建学院,以二级学科为单位建立系,同时可以以前瞻性的学科为基础成立特色学院；在管理逻辑的背景下,要强调院系相对独立的实体性地位,合理分配学校、学院以及系的权力,坚持以学术权力为主导性力量。在学科逻辑与管理逻辑的双重作用下,研究型大学的院系运作机制需要关注院系的用人机制、财务机制以及仪器设备共享机制的建立与效率提升。北京师范大学的“校中校”模式、浙江大学的“学部制”以及华中科技大学不断完善的“学院制”是当前我国研究型大学院系设置改革的三种典型模式。三种模式都非常关注学科的中心地位,但是,总体说来院系中学科的宽窄度、关联度和认受度还不理想,学院数量过多、学科容量过小以及学科结构失调；还由于不合理的资源分配与激励方式的存在,院系设置异化为一种利益分配行为,所以院系的设置还存在盲目从众与攀比以及同质化竞争等现象。今后,我国研究型大学院系设置中需要重点关注几个问题：紧紧抓住大学院系设置变革的实质进行改革,否则会使大学的院系设置在改革中异化；关注不同大学的文化,能否正确处理学科发展中的矛盾是决定院系组织变革成功与否的重要因素；注意正确处理院系内部的利益冲突问题,实现激励与约束兼容等。