结直肠癌潜在预后相关生物标志物的筛选挖掘

来源 :吉林大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:david_jts
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目的:结直肠癌的预后与诊断阶段有关,早期诊断可以提高患者的生存率,从而降低肿瘤转移的发生。如早期发现其5年生存率可达90%,且远处转移发生率低于10%,所以结直肠癌的预后标志物对于早期诊断具有重要意义。研究表明应用不同生物标志物对结直肠癌发生发展提供了早期诊断和预后方向,具有良好的改善该疾病预后的潜力。我们利用生物信息学分析方法对结直肠癌基因芯片数据进行分析筛选,以期找到更有效的结直肠癌的预后标志物。方法:在GEO数据库中选择结直肠癌基因芯片数据下载,应用R语言及相应软件包进行生物信息学分析处理结直肠癌基因芯片数据,进行结直肠癌相关基因的差异表达,对差异表达基因进行加权网络共表达分析(WGCNA),筛选出与结直肠癌发生发展相关的基因模块后,再应用KEGG与GO富集分析所选择的模块,最后应用Cytoscape软件进行可视化,找出核心节点基因,利用UALCAN,基于TCGA数据库对核心节点基因进行生存分析。最后对hub基因通过mir DIP数据库进行mi RNA的预测,结合生存分析筛选与结直肠癌预后不良相关的mi RNA生物标志物。结果:筛选出11个核心节点基因(hubgene),分别为低表达基因DHRS11、UGP2、GUCA2B、TRPM6、MT1M,高表达基因CMTM2、KIF18A、NCAPH、BUB1、CEP55、CDC45。然后使用TCGA-COAD进行了验证,与分析结果一致,最后基于TCGA-COAD临床数据对11个hubgene进行生存预后分析,生存分析结果显示BUB1、DHRS11与结直肠癌的预后不良相关。使用mir DIP数据库对BUB1、DHRS11进行mi RNA的预测,共预测了15个mi RNA,其中3个mi RNA与结直肠癌预后不良相关,分别为hsa-mi R-495-3p、hsa-mi R-125b-5p和hsa-mi R-491-5p。结论:基因BUB1、DHRS11及hsa-mi R-495-3p、hsa-mi R-125b-5p和hsa-mi R-491-5p与结直肠癌预后不良相关。
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