自公司的所有权和控制权分离以来,为了妥善的解决委托代理关系而产生的代理问题,以高级管理者组织生产经营,董事会负责监督制衡的公司治理机制应运而生。经国内外学者一致研究认为,建立健全高效的高管薪酬体系能够有力的解决代理问题,完善公司治理。经过了经济危机后,社会发现我国农业类上市公司薪酬的不合理,导致高管薪酬和公司业绩成了热门问题。同时,2009年8月17日,六大部委联合下发了《关于进一步规范中央企业负责人薪酬管理的指导意见》,被社会称之为“央企高管限薪令”,各上市公司皆受到不同程度的影响,即使是农业类公司也不例外。因此,通过调查农业类上市公司的各种层面,建立一套薪酬激励机制,补充薪酬理论,达到避免高管通过制度自定薪酬的现实意义。本文通过收集2010年、2011年、2012年的、2013年、2014年248家股上市公司为样本进行了描述性统计,把人力资本、委托代理、薪酬契约理论、薪酬激励等理论和国内外相关研究成果作对比,从公司的特征和智力、高管情况等方面提出相关假设,建立回归模型。由此对我国农业类高管薪酬的现状进行了分析,从而研究出里面的相关关系。实证研究结果表明:公司规模、高管年龄、高管是否在其他公司兼职、独立董事的比例、前五大股东的持股比例对高管薪酬有着显著的正向影响;资产负债率对高管薪酬有着显著的负向影响;公司业绩、董事会规模、国有股比例、监事会规模、高管性别及高管持股对高管薪酬有不显著的影响。从实证结果来看,目前薪酬情况仍然不合理,高管持股的数量占总股本数量依旧很低,长期激励还需要进一步加强;公司业绩和董事会规模的影响不显著说明公司治理仍然不完善。最后,本文在实证研究结果的基础上为我国上市公司制定薪酬制度提供某些对策和建议。