主体功能区制度是一项关于我国区域发展总体战略的极为重要的制度,将给中国经济社会的发展带来长期、全面的影响,其中,也必然给国家法律、尤其是环境资源法律带来深远的影响。本文试从主体功能区之出台背景、理性依据、制度支撑、深远内涵等四方面入手,深入分析了建国以来国家区域战略与政策的发展历程,从地理学、生态学、规划学等多方面分析主体功能区的理性依据,提出主体功能区划是全面落实科学发展观、构建社会主义和谐社会的重大举措,具有深远的内涵和重要的现实意义。在此基础上,对《水法》等3类7部我国具体环境资源法的有关法律条文进行解读,认为我国现行环境资源法主体功能区制度已存在一定基础的衔接,并且施行时间越近的法律该特征越发明显。最后,笔者通过对淮河治理、攀枝花环境违法等案例的剖析,阐述了主体功能区制度对我国环境资源法理念之更新,通过对区域环境立法、已有区域划分之衔接、地方政府的环境保护责任的剖析,阐述了主体功能区制度对促进我国环境资源法立法和发展的意义。