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目的:了解上海部分地区儿童感染幽门螺杆菌(Hp)的cagA、vacA、iceA的基因亚型,探讨其与儿童上消化道疾病的关系。方法:收集2007年5月至2008年1月在我院行胃镜检查确诊幽门螺杆菌感染59例患者的胃黏膜组织,分别进行聚合酶链反应(PCR)检测cagA、vacA和iceA基因,病理检查了解胃窦黏膜炎症程度,酶联免疫吸附试验(ELISA)检测胃窦黏膜IFN-γ和IL-4的含量。结果:cagA基因单独检出率为64.9%(37/57),vacAs1/m1单独检出率为19.3%(11/57),vacAs1/m2单独检出率为40.4%(23/57),iceA1单独检出率为63.2%(36/57),iceA2单独检出率为19.3%(11/57),8.8%(5/57)的菌株iceA1和iceA2均阳性,不同基因型菌株在慢性胃炎和消化性溃疡中的检出率无统计学意义(P＞0.05)。cagA型菌株在轻度、轻-中度、中度慢性胃炎中的检出率分别为66.7%、52.9%、72.2%,vacA s1/m1型菌株在轻度、轻-中度、中度慢性胃炎中的检出率分别为19%、11.8%、27.8%,vacA s1/m2型菌株在轻度、轻-中度、中度慢性胃炎中的检出率分别为47.6%、29.4%、38.9%,iceA1型菌株在轻度、轻-中度、中度慢性胃炎中的检出率分别为71.4%、47.1%、72.2%,iceA2型菌株在轻度、轻-中度、中度慢性胃炎中的检出率分别为9.5%、35.3%、16.7%,不同基因型菌株与胃窦黏膜炎症的严重程度无关(P＞0.05)。不同基因型菌株感染的胃窦黏膜IFN-γ、IL-4的含量亦无统计学差异(P＞0.05)。结论:cagA~+/vacAs1/m2/iceA1为上海部分地区儿童中幽门螺杆菌的优势基因型。除了菌株因素外,宿主基因多态性、环境因素对于疾病的发生、发展也发挥了重要作用。