宋神宗元丰改制前，工部为闲置机构，仅设判工部事一人，但判工部事不常设。工部所辖四司亦仅设判司事，熙宁年间（1068—1077）开始由判都省一人兼领。工部长贰、四司郎官皆成了阶官，带工部官衔而担任其他差遣，其中既有带工部长贰官衔任宰执者，亦有任地方官者，同时还存在带工部官衔而无差遣的现象。元丰五年（1082）五月之后，工部职能恢复，四司职能亦随之复活，工部官员方始除授，《宋史》对元丰改制后工部官员除授的记载与实际除授情况差异较大。在工部官员除授上，工部尚书在宋哲宗登基后方予以除授，后来亦常有阙而不除的情况。当工部尚书缺位时，工部侍郎便成为工部事实上的长官，掌工部之事。对于工部四司而言，元丰改制初，仅头司工部司同时设郎中、员外郎，而屯田、虞部、水部三子司或设郎中、或设员外郎，不备置。元祐年间（1086—1094），在省并、精简政府机构的大背景下，屯田司兼并水部司，屯田司、虞部司转隶于户部，工部职掌大为缩减；在宋徽宗朝，屯田、虞部二司又归于工部。南宋建立后，政府机构整体趋简，工部四司一度仅剩工部司，将作、都水、少府诸监先后并归工部。即便如此，工部依然为一清闲的机构，这在工部官吏数量、宋人谚语等方面都有体现。工部官员常兼其他职务，如工部长贰兼参知政事、枢密使、同知枢密院事、临安知府，以至南宋末年兼任地方上的制置使等。从部门官署来看，在唐代，工部居于皇城之内，而到了宋代，工部随尚书省迁于皇城之外，后虽有办公官署，但也是与其他机构共处一厅；元丰改制后，随着新尚书省的兴建，工部有了独立办公官署，房间数量大为增加，这是工部职能恢复、事务增多后在官署上的表现。有唐以来，六部排列次序多次发生变化，但工部却总居于六部之尾，从官署布局的左、右行来看，工部属于右行；从前、中、后行来看，工部属于后行，这种情况自唐以来没有发生过变化。从工部长贰的迁转情况来看，元丰改制前，迁入工部尚书者主要是尚书左、右丞和兵部侍郎；从工部尚书迁出后主要为刑部尚书；迁入工部侍郎者主要是给事中和谏议大夫；从工部侍郎迁出后主要为刑部侍郎和兵部侍郎，这种实际迁转情况和《宋史·叙迁之制》所载有较大的差异。在宋代，工部与将作、都水、军器、少府诸监虽然长期并设，但它们并非平行机构，工部地位要远高于诸监。元丰改制前，诸监已经恢复职能，但因工部在当时为闲置机构，所以它们之间并无太多关涉；元丰改制后，随着工部职能的恢复，它们之间的关系体现为一种隶属关系。但这种隶属关系又非一对一、多对一的上下级统辖关系，将作、都水诸监与工部交往较多，故显得与工部关系较为紧密。元祐年间户部官员提出加强财权控制，将作、都水诸监受户部的影响更大，而工部只是对诸监营造事务进行监督、检查。南宋时，将作、都水诸监相继并入工部，此并入与隶属意思不同，并入即将作监、都水监诸监机构取消，职能完全归于工部。不过将作监、都水监、军器监并入工部为时不久，即从工部分离出去，它们之间的关系又恢复到元丰改制后的状态。工部受到三个层面的监督，其一是工部长官对工部官员的监督，其二是工察的监察，其三是尚书右司的监察。尚书右司、工察对工部的监察主要是对工部与其他部门来往公文的监察，而工部长官则是对工部各种事务进行监督。